研究生_医学分子生物学考试重点总结
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研究生_医学分子生物学考试重点总结
研究生医学分子生物学考试重点
医学分子生物学考试重点
Regulation of gene expression基因的表达调控:不同发育阶段、不同的微环境、不同的功能状态下,选择性、程序性地在特定细胞表达特定数量的特定基因。
Operon操纵子:由功能相关的一组结构基因串联在一起,包括上游的调控区共同构成。
Gene基因:是位于染色体上呈直线排列的遗传单位。从分子水平讲,基因是能表达而形成有功能产物(protein/RNA)的DNA序列(在一些病毒内为RNA)。包括:编码序列(编码蛋白质肽链/RNA);内含子;启动子;调控序列(位于5’端上游的非编码区);终止子(位于3’端下游的非编码区)。
Genome基因组:细胞/非细胞生物体中,一套完整单倍体的遗传物质(核酸)的总和。大小由C值表示。人类基因组:22条常染色体,X,Y两条性染色体上全部遗传物质(核基因组)+细胞质中线粒体上遗传物质(线粒体基因组)。基因组的功能---贮存和表达遗传信息。人类基因组有3.2×109bp。
Cellular genome细胞基因组:对于细胞生物而言,一个细胞所有不同染色体上全部基因和基因间的DNA总和称为细胞基因组。
C-Value paradox:生物单倍体基因组所含的DNA总量被称为C值。以基因组的碱基对总数来表示。每种生物各有其特定的C值范围,不同物种的C值相差很大。一般来讲,基因组越大,生物进化程度越高。C值和生物进化程度不一致的现象称为C值悖论。如:人基因组3.2×109bp,肺鱼长达1012bp。
cDNA文库:由来自细胞或组织mRNA种类的DNA拷贝组成的文库称为cDNA文库。一个理想的cDNA文库应忠实完整地代表所制备组织中所有的mRNA分子。cDNA文库的主要目的是作为分离和克隆感兴趣的单个重组DNA序列的来源。cDNA文库可用质粒载体或噬菌体载体构建。具有易于操作的优点。
基因文库:某生物的基因组DNA或cDNA片段与适当的载体在体外重组后,转化宿主细胞,在细胞内进行复制转录翻译,经筛选后得到大量的阳性菌落or噬菌体,所有菌落或噬菌体的集合合称基因文库,理想的包含着该物种的全部遗传信息。
Protenome蛋白质组:是蛋白质(protein)和基因组(genome)两个词的组合词,即基因组表达的全套蛋白质。由于受到基因表达调控的影响,基因表达在同一个体内不同器官间,甚至同一器官的不同阶段,基因表达的情况都会不同,因此蛋白质组是一个动态的概念。
Protemics蛋白质组学:是以蛋白质组为研究对象,从整体角度,分析细胞或组织内蛋白质构成的动态变化和活动规律的科学。
比较蛋白质组学(表达蛋白质组学):通过比较同一个体肿瘤细胞与正常细胞间蛋白质在表达数量、表达位置、修饰状态上的差异,发现与肿瘤发病或发展有关的分子标记,用来作为肿瘤诊断的肿瘤相关蛋白。基本技术平台:双向凝胶电泳技术2-DE(首选蛋白质分离技术);质谱技术MS(蛋白质鉴定的核心技术);生物信息学。(新发展:差异凝胶电泳DIGE;同位素标记相对和绝对定量iTRAQ)。
肿瘤蛋白质组学有两种研究方法:比较蛋白质组学;血清蛋白质组学。
功能蛋白质组学:是指对蛋白质间、蛋白质与DNA/RNA间的相互作用的研究。以细胞内与某个功能有关或某种条件下的一群蛋白质为主要研究内容,由此建立细胞内外信号传递的复杂网络。技术平台:噬菌体展示技术;酵母双杂交系统;蛋白质芯片技术。
Repetitive sequence重复序列:在基因组中多次反复出现的DNA序列,按其出现频率可分低、中(103~4)、
6高度(10)重复序列。出现原因:①基因的多拷贝;②与染色质的构像,着丝点的形成有关;③参与表达
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调控,染色质DNA的“区间性”。
微卫星(microsatellite):遍布于人类基因组的短小重复序列,每一重复序列为1bp ~6bp,重复次数不超过60次,片段长度小于350 bp。微卫星不稳定性的研究方法:PCR→变性PAGE→ 银染:与正常组织相比较,若某一等位基因条带消失或相对密度减少50 %以上,记为杂合性缺失LOH; 若等位基因条带增多和大小有改变则记为MI。
House-keeping gene管家基因:维持一般细胞正常功能所必需的、而且持续表达的基因,其转录起始区域极少发生甲基化。生殖细胞中,全部组织特异性的基因均不表达且被甲基化。
RNA editing :RNA编辑:RNA分子上的一种修饰。插入、缺失、核苷酸替换→信息改变→氨基酸序列不同的多种蛋白质。意义:扩大遗传信息;生物适应。
RNA splicing:RNA剪接:将hnRNA中的内含子序列切除,外显子部分连接起来。组成性剪接:有序地删除mRNA前体中的每一个内含子。选择性剪接(alternative splicing): 某个内含子5’的供点可在特定条件下与另一个内含子3’受点进行剪接,从而同时删除这两个内含子及其中间的全部外显子或内含子。来自一个基因的mRNA前体因选择性剪接而产生多种mRNA,翻译出不同蛋白质,或形成一组相似的蛋白质家族,称为同源蛋白质(isoform)。脊椎动物中约5%的基因以该方式剪接,各个同源蛋白质具有相同结构或功能域,还具有特异性质的差别。
表观遗传学(epigenetics):基因表达:①DNA修饰:DNA共价结合1个修饰基团,使具有相同序列的等位基因处于不同的修饰状态。②蛋白质修饰:通过对特殊蛋白的修饰或改变蛋白的构像实现对基因转录的调控。③非编码RNA调控:通过某些机制实现实现对基因表达的转录后调控,如RNA干扰。
反义RNA:一段含有与被调控基因所产生mRNA互补碱基序列的小分子RNA。根据其作用机制可分3类:I类反义RNA直接作用于靶mRNA的SD序列和/或部分编码区,直接抑制翻译,或与靶mRNA结合形成双链RNA,从而易被RNA酶III降解;II类反义RNA与mRNA非编码区结合,引起其构象变化,抑制翻译;III类反义RNA直接抑制靶mRNA的转录。
RNAi:RNA干扰:将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞,可以使mRNA发生特异性降解,导致其相应的基因沉默,这种转录后基因沉默PTGS称为RNAi。RNA干扰包括起始阶段和效应阶段。RNAi高效性。RNAi目标序列选取原则。
Cell senescence细胞衰老:细胞衰老是正常环境条件下发生的功能减退,逐渐趋向死亡的现象。细胞在形态上发生明显变化,细胞皱缩,质膜透性和脆性提高,线粒体数量减少,染色质固缩、断裂等。
Telomere端粒:由几百个简单无信息的重复序列构成的3’端凸出的特出结构。作用:1、保护染色体末端;
2、防止染色体复制时末端丢失,导致染色体断端融合;3、固定染色体位置,端粒DNA附着于核基质。 Telomerase端粒酶:一个自带引物的逆转录酶,由RNA和酶蛋白组成。含有1个159nt的RNA部件,该部件含有与端粒d(TTGGGG)重复序列互补的(AACCCCAAC)序列。
端粒、端粒酶与衰老的关系:随着 D N A的复制和细胞的不断分裂,端粒的长度不断缩短,当缩短到影响
D N A复制时,染色体失去稳定性,细胞就停止分裂,于是细胞进入衰老死亡阶段。端粒长度决定细胞分裂次数。端粒长度是由端粒酶决定的。正常人体细胞经多次分裂后,端粒缩短,但如果在端粒缩短的同时,激活端粒酶,就能以自身的模板合成端粒,以弥补端粒的缺损,维持染色体的稳定性,使细胞免于衰老死亡而获得生存,发展成为“永生细胞”。
MMR gene 错配修复基因(mismatch repair gene):属于管家基因。可查出并纠正DNA复制及DNA损伤过
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程中未配对的碱基,保证复制和重组的精确性。
Reporter gene报告基因:是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因。也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。在酵母双杂交系统中,BD-X称为诱饵,AD-Y称为猎物,能显示两者相互作用的基因称为报告基因,反过来,可通过检测报告基因来判断猎物与诱饵间有无相互作用。
G蛋白:一般是指与膜受体偶联的异三聚体G蛋白。由αβγ三种亚基组成。分子量约100kD。α亚基是活性亚基,其上有一GTP结合位点,并具有GTP酶活性,另外还有受体和酶的结合位点。具有特异性,被用作G蛋白分类依据。各种G蛋白βγ亚基都比较相似。G蛋白在结构上没有跨膜蛋白的特点,它们通过对其亚基上氨基酸残基的酯化修饰作用将G蛋白锚定在细胞膜内侧。主要类型:Gs、Gi、Gq、Gt。
Gs和Gi:效应分子为AC↑↓,第二信使为cAMP↑↓,靶分子为PKA↑↓;
Gq:效应分子为PLC-β↑,第二信使为IP3 DG Ca2+↑,靶分子为PKC↑;
Gt:效应分子为cGMP磷酸二酯酶↑,第二信使为cGMP↓,靶分子为Na+通道关闭。
SH2 domain:由约100个氨基酸残基组成,介导信号分子与含磷酸酪氨酸蛋白分子的结合,这种结合依赖于酪氨酸残基的磷酸化及其周围的氨基酸残基所构成的基序。SH2识别序列的磷酸化酪氨酸位于蛋白质的C端,而PTB结构域(类似于SH2结构域)识别的酪氨酸位于N端。
SH3 domain:由约50~100个氨基酸残基组成,介导信号分子与富含脯氨酸的蛋白分子的结合,其亲和力与脯氨酸残基及其邻近的氨基酸残基所构成的基序序列有关。WW结构域与SH3很相似。
JAK(janus kinase):是胞质内的一类非受体酪氨酸蛋白激酶家族,已发现有4个成员:JAK1,JAK2,JAK3,TYK2。JAK1,JAK2,TYK2广泛存在与各种组织和细胞中,JAK3仅存在于骨髓和淋巴细胞中。其结构不含SH2,SH3结构域,C端具有两个相连的激酶区,N端的几个结构区段无酶活性,可能在受体蛋白与JAK的偶联中发挥作用。
STAT:信号转导子/转录激活子:具有信号传递和转录因子的双重功能。包括STAT1~STAT6。STAT的C末端有SH2结构域,而且有一保守的酪氨酸位点,该位点被激活的JAK磷酸化,使STAT活化。
Cyclin box周期蛋白盒:各类周期蛋白均含有一段约100个氨基酸的保守序列,称为周期蛋白盒,介导周期蛋白与CDK结合。补充:Cyclin也含有降解盒(destruction box)或PEST(脯氨酸-谷氨酸-丝氨酸-苏氨酸)序列,它可以通过定时降解或恒定地迅速周转来调节这些蛋白质的水平,起着CDK的调节亚基的作用。CDK为催化亚基,cyclin为调节亚基,两者共同组成MPF。
Restriction point:R点:G1/S检验点。在酵母中称start点,在哺乳动物中称R点,控制细胞由静止状态的G1进入DNA合成期,相关事件:DNA是否损伤?细胞外环境是否适宜?细胞体积是否足够大?
MPF促细胞分裂因子:存在于M期细胞中具有促进间期细胞进行分裂的因子。它能激活促使G2/M的转换。由CDK1和cyclinB组成。即MPF = P34cdc2(CDK1)+Cyclin B。
Protain chip蛋白质芯片:是将大量蛋白质分子按照预先设置的排列固定于一种载体表面,形成微阵列,根据蛋白质分子间特异性结合的原理,构建微流体生物化学分析系统,以实现对生物分子的准确、快速、大信息量的检测。荧光标记是芯片采集中使用最多也是最成功的报告标志。根据固定介质的不同可分为:化学型(SELDI-TOF-MS)、生物型(抗体芯片、靶蛋白芯片)。根据片基材料的不同可分为:膜芯片、玻璃芯片、液相芯片(液相蛋白质芯片)等。
Gene chip基因芯片/DNA芯片/DNA微阵列/寡核苷酸阵列:是指采用原位合成或显微打印手段,固相合成数以万计的DNA探针,并把它们有规律地排列在指甲大小的芯片上,产生二维DNA探针阵列,然后与标
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记的样品进行杂交,通过激光共聚焦显微镜对芯片进行扫描,检测杂交信号,从而对生物样品进行快速、高效的检测或医学诊断。通过对正常人的标准图谱和患者的待测图谱的比较分析,可得出病变DNA信息。这种基因芯片技术有快速、高效、敏感、经济、平行化、自动化的特点。
癌基因:细胞基因组中具有能使正常细胞发生恶性转化的基因,称为癌基因。癌基因是细胞内控制细胞生长的基因,具有潜在的诱导细胞恶性转化的特性,在癌基因异常表达时,其产物可使细胞无限分裂。
激活机制:①原癌基因点突变;②~获得启动子与增强子;③~扩增;④~移位或重排。
抑癌基因/抗癌基因/肿瘤易感基因/隐性癌基因:是指存在于正常细胞内的一大类可抑制细胞生长并具有潜在抑癌作用的基因。当这类基因发生突变、缺失或失活时,可引起细胞恶性转化而导致肿瘤发生。
基因治疗(gene therapy):是指从DNA水平所采取的一切治疗措施和新技术。例如向有功能缺陷的细胞补充相应功能基因,以纠正或补偿其基因缺陷;或采用特定方式关闭、抑制异常表达的基因从而达到治疗的目的。途径:生殖细胞基因治疗(存在伦理学障碍,不考虑人类);体细胞基因治疗(主要是转基因治疗)。 基因干预:采用特定方式抑制某个基因表达,或通过破坏某个基因而使之不表达,以达到治疗疾病的目的。 基因干预的手段:反义RNA;RNAi;三链DNA;核酶裂解特异的靶mRNA。
APUD细胞系统:是指能摄取胺和胺前体并在细胞内脱羧产生肽和/或胺类激素的内分泌细胞的总称。
R-T PCR逆转录PCR(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction):是将RNA的逆转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增反应(PCR)相结合的技术。以由mRNA逆转录而来的DNA为模板,由此产生出来的DNA不带有内含子(基因中不具意义的段落),常应用于分子克隆技术。 RT-PCR技术灵敏而且用途广泛,可用于检测细胞/组织中基因表达水平,细胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列等。
Express vector表达载体:为了使插入的外源基因能够表达为多肽链而设计的载体称为表达载体。除需载体必备条件外,还需要相应的启动子、核糖体结合位点、增强子、终止子等表达调控构件。
基因工程载体分克隆载体、表达载体,前者主要用于克隆和扩增目的基因序列,为研究提供材料及建立基因文库;后者主要用于高效表达目的基因以便获得大量蛋白质产物。
常用的克隆载体:
①质粒载体:pBR322--万用质粒,最广泛;pUC18—蓝白色菌落筛选。
②噬菌体载体:γ噬菌体衍生物载体;粘粒;单链DNA噬菌体载体。
表达载体根据适应的宿主细胞可分:
①原核表达载体:pGEM-3Z(蓝白斑筛选);pKK177-3(该表达载体上外源基因表达可被IPTG诱导去阻遏); ②真核表达载体:病毒表达载体(SV40衍生载体、RV载体、AdV载体、AAV载体);酵母细胞的表达载体;昆虫细胞表达载体(常用昆虫杆状V载体)。
Blotting印迹:将存在于凝胶中的生物大分子(DNA,RNA,蛋白质)转移(印渍)到固化介质上,并加以检验分析的技术。Southern—DNA;northern—RNA; western---蛋白质。
基因重组:是指在体外用酶学方法将不同来源的DNA进行切割、连接,组成一个新的DNA分子的过程。又称DNA重组。包括位点特异性重组(整合酶催化)、同源重组两种类型。
分子克隆/基因克隆:是按照人的意愿,在体外对DNA分子进行重组,再将重组分子导入受体细胞,使其在受体细胞中扩增和繁殖,以获得该DNA分子的大量拷贝。克隆:无性繁殖系及其后代,基因完全相同。
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基因工程/重组DNA技术/基因拼接技术:是将不同来源的DNA片段与载体分子连接形成重组DNA分子,再导入宿主细胞内进行表达的操作。
质粒载体plasmid:细菌染色体以外的,能自主复制的双链闭合环状DNA分子。能把外源目的基因送到宿主细胞中克隆扩增或克隆表达。基因工程主要是用人工构建的质粒。总之,质粒载体应该是一种分子量较小、高拷贝的松弛型质粒,且具有一个以上遗传标志和MCS。广泛应用的:pBR32, pUC18等。
MCS多克隆位点(multiple cloning site):是一段人工合成的DNA序列,含有密集排列的多种限制性酶切位点,以利于不同来源的外源DNA片段插入载体。
Taq DNA聚合酶:是一类耐热的DNA聚合酶,有5’-3’聚合酶活性、5’-3’外切酶活性。多数Taq聚合酶缺乏3’-5’外切活性。催化 的最适温度范围70~75℃,在95℃以上高温可半小时不失活。最适合用于PCR。 限制性内切酶:一类由细菌产生的、能专一识别和切割双链DNA中特定碱基序列的核酸内切酶。一般分为I,II,III型,基因工程中常用II型。切割位点:4~8bp长度,具有回文序列的DNA片段。主要产生3种末端:5’-粘性末端;3’-粘性末端;平端/钝端。应用:DNA重组、制备探针、分子杂交、序列分析等。
T-A克隆:① Taq DNA聚合酶具有末端转移酶的活性,可在新链的3’末端添加一个核苷酸,通常为A。 ② T-vector:普通的克隆载体切成线状,并使之在3’末端含有一个突出碱基T。Taq酶扩增的产物可以与T载体进行粘端互补链接,达到高效克隆的目的。
CpG Island:结构基因的5’端调控区域,CpG常常以成簇串联形式存在,此区域称CpG岛。大小为500~1000bp,约56%的编码基因含该结构。CpG岛的甲基化阻碍转录因子复合体与DNA的结合,抑制基因转录。
核酸疫苗(nucleic acid vaccine)/ 基因疫苗(genetic vaccine):是指将含有编码的蛋白基因序列的质粒载体,经肌肉注射or微弹轰击等方法导入宿主体内,通过宿主细胞表达抗原蛋白,诱导宿主细胞产生对该抗原蛋白的免疫应答,以达到预防和治疗疾病的目的。
半保留复制(semiconservative replication):一种双链脱氧核糖核酸(DNA)的复制模型,其中亲代双链分离后,每条单链均作为新链合成的模板。因此,复制完成时将有两个子代DNA分子,每个分子的核苷酸序列均与亲代分子相同,这种复制方式称为半保留复制。
转位因子:指能够在1个DNA分子内部或者2个DNA分子之间移动的DNA片段。细菌中则指可在质粒与染色体间或者质粒与质粒间移动的DNA片段。包括:1、插入序列IS(简单转座子,无其它与转座功能无关的基因);2、转座子Tn(复杂转座子,较大的可移动成分,除转座基因外尚有其他基因如抗药基因);
3、可转座的噬菌体(与IS ,Tn相比不含末端反向重复序列)。
转座形式:1、直接以DNA形式转座;2、反转录因子转座(DNA→RNA→逆转录生成cDNA→整合)。 转座机制:1、非复制性转座/简单转座:转座子拷贝数不增加;2、复制性转座:转座子复制,一份留在供体,一份整合在靶位点。反转录因子转座一定是复制性转座。
转位作用的遗传效应:1、基因重组;2、基因突变:插入到基因内部;3、引入新基因;4、染色体畸变。 转基因动物(transgenic animals):对动物个体来说,非自身的基因成分属于外源基因,如果把外源基因整合或导入动物染色体基因中,那么这个外源基因就被称为转基因(transgene)(即转移来的基因),这种动物就是转基因动物。转基因动物是指将特定的外源基因导入动物受精卵或胚胎,使之稳定整合于动物的染色体基因组并能遗传给后代的一类动物。
基因家族:核苷酸序列或编码产物具有一定程度同源性,且功能相关的一组基因。同一祖先基因经过重复和突变进化而来。成员可集中在同一染色体某区域,形成基因簇或串联重复基因,也可以分散在不同染色
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