黄籽甘蓝型油菜核心种质的SSR标记分析_曲存民
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黄籽甘蓝型油菜核心种质的SSR标记分析_曲存民
第3自然科学版)7卷第1期 西南大学学报(015年1月 2
)Vol.37 No.1JournalofSouthwestUniversitNaturalScienceEditionJan.015 2y(
:/DOI10.13718.cnki.xdzk.2015.01.001j
黄籽甘蓝型油菜核心种质的SSR标记分析
222, 卜海东1,, 刘晓兰3, 王 敏1,,曲存民1,
2222, 刘水燕1,, 杨绍锋1,, 王 瑞1,,卢 坤1,
222, 谌 利1,, 李加纳1,徐新福1,①
1.西南大学农学与生物科技学院,重庆400716;2.南方山地农业教育部工程研究中心,重庆400716;
荣昌校区)动物医学系,重庆荣昌43.西南大学(02460
摘要:核心种质筛选是植物遗传资源研究和利用的便捷途径,利于种质资源杂种优势利用.遗传多样性分析有利于最优亲本组合的鉴定,以期能够产生遗传变异最大的后代群体和促进不同资源的有利基因渗透到栽培品种.该研究通过表型数据分析表明,初选核心种质能够有效地代表参试群体的遗传多样性,利用20对SSR标记对20份黄籽甘蓝型油菜的核心种质进行了遗传多样性分析,共检测出128个等位基因,每对引物在不同材料之间的等位基因数在4~11之间,平均位点为6.40个,多态信息量PIC值在0.81~0.92之间,通过UPGMA法,核心种质的遗传相似系数介于0.17~0.61之间,说明黄籽甘蓝型油菜核心种质具有较丰富的遗传多样性.该研究为甘蓝型黄籽油菜基因资源的挖掘和黄籽杂交育种的利用提供了理论基础.
关 键 词:甘蓝型油菜;黄籽;SSR;种质资源;遗传多样性
()中图分类号:S634.3 文献标志码:A 文章编号:16739868201501000106---
种质资源蕴藏丰富的遗传多样性,是作物新品种培育及育种研究的重要物质基础.在世界范围内巨大的种质资源数量使得育种工作者很难对其进行深入研究并加以有效利用.因此,核心种质的概念于1984年
1],有效促进了种首次被提出,表示尽可能以种质资源的最小数量来最大限度地代表整个种质资源多样性[
]]2]3-4]5]6-1011-12,且在小麦[、大豆[、水稻[质资源评价、利用及发掘重要基因效率[及玉米[等主要作物中已
[3-1]8建立了相应的核心种质资源库,并用SSR标记对其进行了遗传分析1.
油菜不仅是我国重要的油料作物,且种质资源十分丰富,与其他作物相同,种质资源的创新与利用也作为油菜育种工作中主要组成部分而备受关注.在生产中,甘蓝型黄籽油菜以其含油量和蛋白含量高,纤维素和多酚等有害物质含量低,油质清澈透明,饼粕饲用价值高等一系列优点,引起国内外育种家的高度重视.但由于甘蓝型油菜在自然界中缺乏天然的种质资源,大部分黄籽均是通过人工合成或诱变获得,因
19]此针对黄籽甘蓝型油菜核心种质资源筛选利用方面的研究相对较少,但在白菜型油菜中有相关报道[.
20]本研究根据刘晓兰等[对重庆市油菜工程技术研究中心提供的180份黄籽甘蓝型油菜骨干亲本材料
的研究结果,采用UPGMA法对其进行了遗传背景的差异分析,并综合比较了5个主要品质性状,共获得可以代表其亲本种质材料间背景差异的核心种质20份.因此,本研究以获得的20份黄籽甘蓝型油菜核心种质为材料,分析其品质性状并利用SSR标记技术检测其分子水平上的多态性,从而确定育种可以充分利用的杂种优势亲本群,为选配黄籽甘蓝型油菜杂交种提供稳定亲本,对于今后杂交育种和优势组合的选配具有重要意义.
收稿日期:20130513--
;国家自然科学基金(,3;重庆市主要农作物良种创新工程项目基金项目:863重点项目(2011AA10A104)U13022661401412)
();国家科技支撑计划项目();中央高校基本科研业务费专项资金(,CSTC2012GGB800082013BAD01B0312XDJK2013C031XD--
);西南大学博士基金()JK2012A009SWU112036.
,男,山东潍坊人,讲师,主要从事作物分子育种研究.作者简介:曲存民(1983-)
通信作者:李加纳,教授.①
2
//西南大学学报(自然科学版)ttxbbb.swu.cn7卷 h 第3p:j
1 材料与方法
1.1 试验材料
17]
根据刘晓兰等[对本研究室180份黄籽甘蓝型油菜的研究结果,选取了20份具有遗传多样性及种
,均由西南大学重庆市油菜工程技表1)质特性差异明显、遗传距离较大的甘蓝型油菜黄籽为核心种质(
术研究中心多年培育可供利用的亲本育种品系,且在全国冬油菜产区经这些品系选育的多个高产优质杂交油菜品种被广泛种植.田间试验在重庆市北碚西南大学歇马试验基地播种,单株移栽种植,每份材料20株,2次重复,田间管理按常规生产方式进行.成熟后分小区收获种子,用于品质性状的分析.
表
内容需要下载文档才能查看黄籽甘蓝型油菜核心种质系谱来源
1.2 核心种质品质性状的测定
,)利用近红外光谱仪(测定核心种质种子含油量、蛋白质、硫苷、芥酸和油酸含量,每份FossTR3700-
材料重复测定3次,取平均值.1.3 基因组DNA提取
[1]
,按照D每株系随机选取3~5株幼嫩叶片混合样1g的Cole等2TAB方法提取基因组DNA,用TEy
溶解于-20℃冰箱保存备用.1.4 SSR分子标记分析
//)本研究涉及的S数据库下载;②PSR引物来源包括:①BrassicaDB(httwww.ukcro.netiue-p:pq
[22]
mal等于2005年公开发表的序列;③日本蔬菜茶叶研究所SatoruMatsumoto教授提供的序列;④加拿 大NAFF公开发表的序列.源于BrassicaDB和Piuemal等文献中涉及序列由上海生物工程技术有限公司q合成,日本蔬菜茶叶研究所和加拿大NAFF提供的序列为上海英俊生物公司合成.采用本实验室优化后的
2+
,D,含1PCR扩增反应体系(10μL)NA模板为20n10×PCRbuffer(5mM M1.2μL,0.2μL gg)
//10mmolLdNTP,0.5UTaDNA聚合酶,引物0.5μmolL,加ddH2O至总体积10μL.PCR反应程 q
,,),,序为94°C预变性5min;35个循环(94℃变性45s55℃退火45s72℃延伸1min72℃延伸10min
16℃保存.扩增反应产物通过聚丙烯酰胺凝胶检测,银染观察并照相.
1.5 数据统计分析
),然后分别以0,有带赋值为1,无带赋值为0,缺失为91和9对SSR扩增产物进行统计建立数据库(
[]3
,简方法计算获得单个S参照Senior等2SR标记位点的多态性信息量(PolmorhicInformationContent yp
,即称PIC)
2
PIC=1-∑fi
[4]
,简称M其中f方法计算标记索引系数(i位点的基因频率;参照Smith等2MarkerindexI).聚类分 i表示
析按非加权组平均法(进行,所有数据分析采用软件SUPGMA)PSS13.0和Excel2003完成. 1.6 核心种质的评价参数计算
在原始种质群体和核心种质间,同一品质性状方差与平均数的差异显著性分别用F检验和t检验进行检测,核心种质主要特性用平均数、方差、极值、变异系数、偏度和峰度等6个主要评价参数进行评价.
2 结果与分析
2.1 核心种质的特性指标评价
表型性状能反映出种质资源的基本特征,通过对种质资源进行多样性分析可有效挖掘有利基因并加以
第1期 曲存民,等:黄籽甘蓝型油菜核心种质的SSR标记分析
3
利用.采用双样本t测验进行比较结果表明,本研究对筛选出的20份黄籽甘蓝型油菜核心种质性状与原始种质群体差异不显著,说明初选的20份黄籽甘蓝型油菜核心种质材料能够有效地代表参试的原始种质群
)体,可用该核心种质进行遗传多样性分析(表2.
表2 初始种质群体与核心种质5个种质特性品质性状的平均数、极值、方差、变异系数、偏度和峰度性 状·g-1)硫苷含量/(molμ
含油量/%
类型C O C O
芥酸含量/%
C O
蛋白质含量/%
C O
油酸含量/%
C O
平均数
极值
方差
变异系数0.57 0.58 0.060.13.31 3.07 0.070.08 0.180.19
偏度2.08 0.98-0.23-0.53 4.44 4 -0.09 0.06 -2.67 -1.95
峰度4.46 -0.1-1.04 1.1219.79 15.120.09 0.539.46 5.01
0.58
1.24
0.1
1.06
0.15
1.32
0.24
1.11
t值0.84
F值1.39
47.50±0.196.33~133.8637.86 2 7 56.06±0.397.14~163.34051.14 1 1 40.52±0.266.81~44.36 3 38.39±0.345.84~49.98 2 2.28±0.06.00~34.34 0 2.62±0.08.00~43.95 0 26.47±0.122.82~30.21 2 27.19±0.171.66~34.25 2 58.37±1.122.6~78.94 2 64.91±2.212.09~78.94 1
5.54 14.85 56.85 64.67 3.05 4.89 135.13 128.55
C分别代表原始种质群体和核心种质. 注:O,
2.2 核心种质的等位基因分析
在20份黄籽甘蓝型核心种质材料间,本研究中利用20对SSR引物共检测到128个等位基因位点,每对引物检测出的等位基因平均位点数为6.40个,计算PIC的平均值为0.86,标记索引系数MI等于5.54,反映了黄籽甘蓝型油菜核心种质间具有丰富的遗传多样性.另外,BRMS324和CB10364两对引物均获得11个等位基因位点数,且PIC值和MI值都较高,而引物BRMS071和BRMS240最低,均为4个,PIC值
),说明扩增的等位基因数多少与P表3和MI值都较低(IC值和MI值具有一定的相关性.
表3 20对SSR引物检测到20份黄籽甘蓝型油菜核心种质的遗传变异
引物名称
引 物 序 列
染色体A03,C03 A05
A03,C09 A03 A05
等位基因数7 6 5 4 4
多态性信息量
标记索引
BRAS051GGCTACAAAATGTTTGATAAGCTCT/ACCTGAAAGAGAGGCTACACAT
BRAS072GAATAGCCTCGCAGAAGTAGC/CGACGGCGATAAAACGAA 050CACCGTCGGAGTCTGAAT/GAGCCGTTAAACCNTAGTGTG BRMS-BRMS071GCCATCTACACATTTATCCC/CACTAACCTTCTTGCTACCGT BRMS240CCGTGAGAAGTCATTTGG/AATCATTTTTCGATGACAGAA
CTTGGTTGTATTCTTT BRMS309CATAACACTTTCTAATCTCGCA/TTGTATTCCAACGCTAGTTTTGCTTCBRMS324TGTCCTGTTTTCTGTGCTGG/G
CB10022CCAAACGCTTTTCTTTCTGC/CCAATGACGCTCCAAGATTT
GTTTCAGAATCATATTGTATTTTGCT CB10258GAAGATTCGAGCTCTTTCGG/CCB10364AGGACCCGACTTTCCTTGTT/ACCAAACTCGGCGTACAAAT EJU5ENA21ENA6
TCCAAGTAGACCGAATCAAGAGAGT/ATAAATCGAACCTGAAACCATGTCT
ACCAAACGACGCAAACAAACAAATA/TGACTTCGGAACGTGCAATAGAGAT
0.87.06 60.87.21 50.86.29 40.84.35 30.82.26 30.85.98 50.90.91 90.86.18 50.81.03 40.920.16 10.90.23 70.87.19 50.88.19 60.85.13 50.85.09 50.87.21 50.82.94 40.88.14 60.81.05 40.84.20 40.86.54 5
A067
A03,A09,C081 1 A09 A01,C01 A08 A06 A09 A07 A06 A05 C09 C01 A04,C04 A09,C09 C08
6 5 11 8 6 7 6 6 6 6 7 5 5 1286.40
TGAGGTTAGACATGGCGCTGCTTGC/TTTGATCATTGTGGTCGCGAGTTCG
ES091AAGTCACTACTTCCATTGAGGAACC/GATGATTGGTGGTTTGGGTTT -b-MR119AAAACAATACGACTGATTGAACCAT/CAAATCATAGTCGAAACTAGCTAAAA _niabssr022GTAGAGTACTTTGCGAGGCAAGGAT/AGGATTCTTTACTCTCTGCAGCTTT _ssr112CACCTGTCATGTCTTCTTCTGG/TTGTCTTTGTTTTCTTCTCATTCGniab sN11516ATCTCATGGTTGGTTCACCG/ATTTCCAAAACACACACGCA sR12777CTCGTCTTCTTCACCTACAAC/CTGACATCTTTCTCACCCAC sS2331B总计平均
AGCCGTGTAGCACCAGAACT/CGTGTAGTGTGCGCATCTTT
4//西南大学学报(自然科学版)ttxbbb.swu.cn7卷 h 第3p:j
2.3 遗传多样性分析
,对2采用类平均法(UPGMA)0份黄籽甘蓝型油菜核心种质间的多态性数据进行聚类分析,结果表明
(),表明这些种质具有较丰富的遗传多样图120份黄籽甘蓝型油菜核心种质的相似系数范围为0.17~0.61
性,且1号材料与其他材料间的遗传差异最大,而材料6号与8号、7号与18号之间的遗传差异相对较小,
)结果与材料本身系谱来源一致(表1.尽管材料1和11系谱来源也一致,但它们遗传差异却很大.因此,
在遗传育种工作中对于常异花授粉作物的遗传保纯是非常重要的
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图1 20份黄籽甘蓝型油菜核心种质的UPGMA聚类分析图
3 讨 论
新品种选育的前提是具有丰富的种质资源,因此在育种工作中对遗传资源的收集与利用也得到各国育
3]种单位的高度重视.然而,对于众多的种质资源中能被有效用于作物特定目标改良的资源却极为有限[.
因此,如何进行研究与利用是各个育种单位面临的主要问题.研究表明核心种质能够最大限度地代表整个种质资源的遗传多样性,一般认为核心种质应该占整个遗传资源的5%~10%,但国内外研究者在不同植物核心种质构建中并没有提供合适的取样比例,根据地域不同取样的比例也存在一定的差异,比如在云
[][5]南,初级核心种质的地方稻种资源取样比例为16%8,而江西地方稻的取样比例为9.28%2.另外,不同
[6],而本研究中的黄籽的材料中取样比例也存在一定的差异性,比如中国普通小麦的取样比例为14.9%2
甘蓝型油菜核心种质的取样比例为11.11%.因此,选取核心种质比例的基本原则是在种群没有明显多样性丢失的前提下,再根据原始种质群体的大小来确定适当的取样比例.
遗传多样性不仅作为种质资源评价利用的基础,也是发掘物种中重要基因资源的信息源.在我国,油菜是重要的油料作物之一,本研究室利用不同的亲本材料已选育和推广了大批的油菜新品种,但产量和品质一直处于较低的水平.因此,在甘蓝型油菜中稳定的黄籽品系的选育是重要的育种目标之一,同时对现有甘蓝型黄籽油菜种质资源的多样性分析及核心种质的确立也显得尤为重要.前人对核心种质表型性状多
[7]为参考指标,主要缺点在于以材料样性进行分析大都依据Shannoniener多样性指数和Nei遗传距离2-W
性状的表型值来衡量核心种质资源易受制于环境条件的变化,其结果也不能真正反映核心种质基因型间的遗传差异.但DNA分子标记技术具有不受基因表达的时空限制和环境条件影响等优点,其中SSR标记在水稻、小麦、大豆及玉米等主要作物中不仅能很好地检测不同种质资源的特异性,也能指导种质资源的有
]]3-1720,27-30,且油菜研究方面也有过相关报道[效利用[.本研究选取20对分布于不同连锁群且重复性和多
态性都比较好的SSR标记对20份甘蓝型黄籽油菜核心种质的遗传变异进行分析,发现黄籽甘蓝型油菜核心种质在基因组水平上有着十分明显的遗传变异,相似系数在0.17~0.61之间,体现出较为丰富的遗传多
第1期 曲存民,等:黄籽甘蓝型油菜核心种质的SSR标记分析5
,而7和1样性;而系谱来源一致的材料在表型上存在差异,但在基因型间差异很小(6和8)8号在表型与
基因型间均存在显著差异,说明筛选的核心种质较好地反映了原始种质资源的群体结构,在育种工作中对该核心种质资源的长期保存、利用都具有重要价值.
在育种工作中,利用杂种优势是提高油菜产量的重要途径之一,且双亲的遗传差异越大,杂交种的杂种优势越强.因此,本研究结果提供的20份黄籽甘蓝型油菜作为核心种质,体现出了丰富的遗传多样性,这将对甘蓝型黄籽油菜杂交种亲本的早期筛选及优势组合利用具有重要意义.
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