继花仙子世界之后，花仙子和天使们都生活得快快乐乐的。可是后来，不知从哪里冒出来的黑暗魔王其丰率领众手下去攻打花仙子世界。原本宁静的世界被打破了。虽然后来花仙子和天使们挡住了攻击，将其丰和黑暗女王曲暗用封印封住了，恢复了世界的宁静，但是不久，花仙子世界就爆发了一种瘟疫，并且难以治疗。只有赛尔号精灵——布布种子最爱吃的食物——蜜制朝露才能治愈。怎么办呢？心蝶仙女和西菲仙女奉命去了外太空，她们费了好大的劲才找到了赛尔号飞船。

她们找到派特博士，对他说了花仙子的难处。派特博士立刻报告了船长罗杰，船长罗杰召集了所有赛尔，一起寻找蜜制朝露。最后，他们的努力没有白费，总算收集到了许多蜜制朝露。虽然这些可能不够，但她们还是谢了船长和所有赛尔，返回地球。这么一点的蜜制朝露当然抵制不了什么，过了不久，花仙子世界就灭亡了。唯独有一家小仙女幸免于难，于是跑到了赛尔号生存下来。后来，人类发展的历史重演，最终出现了魔法学院。一群学生幸福地生活在这里。他们会发生什么事呢？请看下章。