MS电荷密度和差分密度用Origin作图

上传者：陆恺荪
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上传时间：2015-05-07
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MS电荷密度和差分密度用Origin作图

将电荷密度在MS中显示出来后，save为文件，然后将隐藏文件和扩展名都能显示，在结果文件夹中找到*.charg_frm文件，格式改为*.txt

1从origin中导入这个文件,得到4列数据,分别为a, b, c, 和charge.

一般的排序是先将a=1,对应的b,c不同,然后才是a=2的,以此类推.

如果你想做(100)面, 将b, c, charge列分别设为x, y, z轴，那么就只选中a=1对应的所有的b, c, charge数据，然后直接可以做出(100)面得电荷密度等高线图，通过调节，可以得到很好的图片。

2如果想得到（010）面的，将原来的数据的b列推至首列，然后选中首列，右键单击选择sort worksheet，这样就会对b列的数据按从小到大的顺序排列，而与之对应的a，c，charge随之改变。

3按同样的方法可得到（010）面得电荷密度。

2、差分电荷密度

MS中只能给出显示，存为文件后却无法打开。昨天在一个会上问M C Payne这个问题，他解释说不是他的错，是公司的问题。（具一个牛人说，可用命令行运行后，可得到数据文件。还没试）。如果就现在的差分密度图片如何在Origin中做出来呢？

你需要做的也很简单。将MS的差分密度图片显示后，隐藏其它（包括原子），存为.bmp文件。然后在origin中新建一个空matrix表格。从File的import中选择image，按照默认方式导入刚才的.bmp文件。然后选择你需要的区域，点击右键形成新的Matrix表（其实现实的还是图片）。

再到view中的view mode选择数据，你会得到一个很奇怪的matrix表，别管他，直接对这个matrix做contour图，你会得到差分密度图了，要想获得好的效果，需要很仔细地调节。具体办法，实在太难写出来，等以后再说吧。

上面一张是根据下面MS给出的差分密度map用Origin做出来的。由于为了满足附件的大小限制，对origin的输出做了压缩和色度限制，这只是今天初略做的，没有做详细的调节。

其实关键在于，国外期刊一般倾向你提交.eps格式的图片文件，如果你将.bmp通过画图来转为.jpg，然后再用jpeg2ps程序转为.eps，效果实在不敢恭维。

所以利用origin直接输出.eps格式的图片，效果很好，而且不失真，属于矢量图。

aylayl08 问：是否就以origin自动insert值就可以了呢？我估计他问的是一个普遍问题，所以在此发表一个帖子，对原先帖子进行补充。

这个问题我可以很肯定地说，不行！！！

你必须要自己去insert数据。而且最好能等差插入。一般来说，用import image的方法

导入origin后，再用data mode显示数据时，你会发现数据都很大，完全不像MS中差分密度的负几到正几。至于原因我原来说过了。你需要在正负分界（也就是所谓差分密度为0）的地方，用粗实线来表示。得到电子（对应MS中为正值）的区域用细实线，在失去电子（对应MS中为负值）的区域用dot线。

如何判定origin作出的图中哪些区域是得或失电子呢？

我建议大家同时打开MS中的原图（差分密度），用Red-white-blue的64band模式显示。这样，你就会发现红色代表失去电子（负值）、蓝色代表得到电子（正值），而且在红-蓝之间一定有白色的区域（或许很细很窄），这就是差分密度为0的区域了。那么，你就可以以此为参照，来确定Origin中的得失电子区域和差分密度为0的分界线了。

同时，我后来发现，在MS中用white-black显示后，还是将band设为64为好，这样导入Origin后能反映出更细微的变化。特此说明，希望对大家有帮助。