应用ADDIS软件实现网状Meta分析
上传者:陈宝金|上传时间:2015-05-05|密次下载
应用ADDIS软件实现网状Meta分析
网状Meta
曾宪涛t,2*张
超博杜
亮,+
1.湖北医药学院附属太和医院循证医学中心(湖北十堰442000);2.湖北医药学院附属太和医院口腔科(湖北十堰442000);3.四川大学华西医院中国循证医学中心(成都610041)
chain
Monte致性及结果收敛性诊断做相关判断后,软件将自动产出结果及相关图形;但该软件的最大缺点在于数据录入较为繁琐。本文介绍了如何应用ADDIS软件实现网状Meta分析。
关键词ADDIS软件;网状Meta分析;MCMC法
UsingADDISSoftwareforImplementationNetwork
ZENGXian-Ta01一,ZHANGChao催。DULian93+
Meta—Analysis
j.CenterforEvidence—BasedMedicineandClinicalResearch,TaiheHospital,Hubei
University
ofMedicine,Shivan
44200D,China;
2.DepartmentofStomatology,TaiheHospital,HubeiUniversityofMedicine,Sh纱an442000,China;
3.ChineseEvidence-BasedMedicineCente‘WestChinaHospital,SichuanUniversity,Chengdu610041,China
Abstractbased
on
Theaggregate
datadruginformationsystem(ADDIS)softwareis
a
non—programmingsoftwarewhichis
forpriorassessmentand
theBayesianframeworkandusingtheMarkovchainMonteCarlo(MCMC)method
implementation.Theoperationisfairlyeasyforusers.Theconsequentresultsandrelevantplotscouldbeoutputauto—maticallybythesoftwareafter
usersassess
theconsistencyofmodelandconvergence
diagnostics.Themajor
disadvantage
ofADDISisthemorecomplicateddatasoftware.
Keywords
entry.Thisarticleintroduceshowtoperformnetworkmeta—analysisusingADDIS
ADDIS;NetworkMeta—analysis;MCMCme山od
处理过程更为繁琐,其对如模型选择、一致性检验要求也较高。目前,实现网状Meta分析的统计软件有编程和非编程两类。其中,编程软件要求操作者掌握相关的操作语言,而非编程软件则相对容易
掌握。
DataDrugInformation
行简单操作,软件即可自动产出结果及相关图形。
l
ADDIS简介
ADDIS软件是GertvanValkenhoef等…基于
贝叶斯理论研发出的一款循证决策支持系统,主要database、drugcom—
System)软件[11基于贝叶斯框架运用MarkovchainMonteCarlo(MCMC)方法来对数据进行先验评估与处理,能够自动对相关数据进行网状Meta分析,为当前制作网状Meta分析的非编程软件的代表。pendium)的链接功能。因此,在网状Meta分析时,该软件可以联网使用相关的编号提取数据库中已保存的数据。
ADDIS于2009年6月30日研发成功,随后约每3个月更新一次,当前最新版本为v
基金项目:湖北省教育科学“十二五”规划2012年度重点课题(2012A050),湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01),湖北医药学院附属太和医院2013年循证医学“苗圃基金”项目(EBM2013004)。
+通讯作者,Email:dulian9123@aliyun.corn
1.16.3,
org/addis。ADDIS软件开发结构及其运行内核的¨熙I
∞们3鼢砌旭叩州锨0篇嬲等厨回
万方数据
网状Meta
件而言,其在生成网状关系图及直接将数据导人大型数据的录人,但该方法需要使用到R软件中的GeMTC软件等功能方面具有明显优势,且操作同XML程序包,其对操作者的要求较高,不仅要求操样简洁方便,使得其在制作网状Meta分析软件中作者对ADDIS软件数据存储结构有掌握,而且要的地位更加重要。求操作者具有一定的R语言基础。
v1.16.3。需要说2.1新建数据集
明的是,必须在电脑上安装有iava程序(中文官方安装完成后,双击软件图标,在出现的界面中单击“NewDataset”按钮,出现“NewFile”对话框常运行。(图1)。
2录入数据2.2添加适应症
在图1中,单击菜单栏“Add”按钮,选中“In—
dications(适应症)”选项,就会弹出“AddIndica.《R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的tions”对话框,在SNOMEDConceptID框中输入应用》【2】一文中的实例为例,演示ADDIS软件数据疾病名称的ID号及全称(笔者注:按照医学分类的录入及网状Meta分析实现。命名法,每种疾病均有其对应的ID号,本例的“重
笔者认为,当前对于该软件数据的录入存在3度抑郁症”对应的ID应为310497006。若仅仅使用种方式:①手动输入;②使用专业的xml格式生ADDIS的Meta分析功能或简化操作,可以自行输成器;③使用R软件中的XML程序包生成xml格入,如本例分别输入“11”和“Antidepressant”o式文件。手动输入适用于小样本数据,本文将做详输人完成后,将会出现图2所示界面。
细讲解。方法②笔者不建议使用,因为ADDIS软若出现输入错误,可通过菜单栏“Edit”按钮件对其储存数据的xml格式文件要求十分严格,只进行操作,但需先删除已经新建的“11Antidepres—有对其数据存储结构有一定的掌握,方可实现数据sant”标识。
的录入,否则,数据将无法打开。方法③适用于超2.3添加药物
图1新建文件及添加相关指标界面
图2适应症添加完成后的界面
厦回=嚣黧骅拣躺部CJEBMII.1509.II万方数据I。
网状Meta
如同添加适应症一样,在图1中通过单击“N06AXl2”),其中第1、3、4位为字母,第2、5、6、“Add”按钮来实现对研究药物(Drugs)的添加,本7位为数字。ATC代码第一级为一位字母,表示解例以“Bupropion”为例演示输入。在Name框输人剖学上的分类(如N为神经系统);第二级为两位“Bupropion”,ATCCode框中的内容可由图3中按数字,表示治疗学上的分类(如06为精神兴奋剂);钮联网搜索实现自动导人,亦可手动随机键人。本第三级为一位字母,表示药理学上的分类(如A为例依次将14种药物进行手动输入,输入完成后左抗抑郁药);第四级为一位字母,表示化学上的分侧“Drugs”则完整地呈现出药物(图3)。类(如x为其他);第五级为两位数字,表示化合物
需注意两点:①因各类试验其安慰剂的选择是上的分类。]
不一样的,故“Placebo”无“ATCCode”,需要手动2.4添加结局指标
随机键人。②不一定每种药物都有“ATCCode”,同样,单击菜单栏的“Add”按钮来添加结局本例如“Velafaxine”当前就无此代码,处理办法指标(Endpoints)。本例以“Responders”为例,具为根据“ATCCode”原则编写键人或随机键人即体输入见图4。
可。[笔者注:解剖学治疗学及化学分类系统,简2.5添加研究及录入数据
称ATC(AnatomicalTherapeuticChemical)系统,本文采用的实例中共纳人了64个研究,现以是世界卫生组织对药品的官方分类系统,将药物分第1组为例进行演示。
为5个级别。ATC代码共有7位(图3中示例为同样,单击菜单栏“Add”,在出现的“Add
图3添加药物名称及其ATCCode及完成后的界面
图4添加结局指标的对话框IIcJE■-lII.1510.∞们3砒一讲肋删佃m0篙嬲等厦回。I万方数据
网状Meta
Study”对话框中依次输入。本例均以研究组名输入到ID框及Title框,具体输人见图5。
在“ID”框中,若输入在ClinicalTrials.gov中的注册号,则点击“ImportfromClinicalTrials.gov”即可自动导入该研究的相关资料。
输入完成后,点击“Next”即可进人适应症选择对话框。由于前面我们只建立了“1
1
完成上述操作后,单击“Next”按钮进入到下一界面。在该界面中,在Endpoints下拉框中,挑选已经建好的“Responders”;然后单击“Addmeas.urementmoment”按钮新建一个“measurementmo—ment”,再单击“Next”按钮进入到图8的界面。在图8中,分别键人相应的数据。此后一直执行单击“Next”直到出现图9所示界面,单击“Finish”按钮,就完成了该组数据的录入。
在图9中,可通过点击“Overview/Design/Data”按钮查看已编辑好的信息。如在“Data”中,单击“Odds.Ratio”就会计算出该研究组的各药物间的OR值及其95%可信区间(图9)。
本例的64组研究数据依次按照上述方法进行录入,完成后界面如图10所示(需要说明的是:本例只是演示数据的录入,其中有些设置及操作进行了省略,有兴趣的读者可自行参考上述操作进行尝试,本文将不做详细讲解;但必需的关键步骤都在,省略不会影响操作)。
Antidepres.
sant”这一个适应症,故其下拉菜单只存在一个“In.dications”可选;亦可通过点击后面的添加新的适应症。选择后继续单击“Next”按钮可进入到附加信息输入对话框,此处的选择可为后面的风险分析做参考;亦可忽略填写,直接单击“Next”按钮进入到研究臂名及总臂数选择界面(图6)。
该界面中,所有纳人的研究均为2臂。而本例的研究组1为3臂研究,故需要单击“AddArm”按钮进行研究臂数添加,并且将其臂名更改为相应的药名,在Size框中键人相应的研究总例数(图6)。完成后继续单击“Next”按钮以添加其他信息,此处可以忽略,直接单击“Next”进入到下一步。
该步骤需要通过单击“NewActivity”按钮将药物和纳人研究结合起来。此处,我们将Type框设为Treatment,Drug框分别设为相应的三种药物,单击OK按钮,完成后将建好的三种“Activity”放到对应的“Epochl”框中,可使用鼠标直接拖动(图7)。
3完成网状Meta分析
3.1建立数据
在图10中,单击“NewNetworkmeta-analysis”
按钮进入到“DefineContext”界面。在此界面中,
可输入网状Meta分析的名称(仍以“11”代表)、选
图5添加纳入研究的对话框
厦回:叫2013焉三群燃黼部
万方数据
CJEBM¨
II
?1511?Il
I
网状Meta
择适应症(11Antidepressant)及结局指标(Respond一继续单击“Next”按钮进入到图11界面。在此ers)。
cJ|l豫
?1512?
万方数据界面,可以根据试验要求选取药物,其中绿色为纳邈滔毹鲡蕊戮黼隧黼黼躐霹黔鳓瀚隳隳阑圈删湖阑麟燃㈣潮嘲月熏隳,。隳黪嬲嬲獬燃㈣獬獬㈣澎孽AddamEEnterthearmsforthisstody.回NaM』hH.。lwacebo圈Size:.i52。Toaddanote,entertexthereandthenpressthebuttontomeright万。●7陋苎璺剑N—se.p埘on臣刁触150jToaddanote,entertexthereandthenpressthebuttontothe^ghti雾遗剑Name;,a一。;匮j意击即可弹出重命名对话框;Size.0黍《-吣-,,一,目桶”#№觥糌㈣§■#拼口《三jNan":Ruoxetirle{‘I堕塑|ii{厂—蔽—]厂1磊r]}匝三嚣捆l嘲赡㈠眺hH。键赫…I图6研究的臂数及名称输入界面图7将药物与纳入研究进行结合@2013EditorialBoardo/Chin1Evid—basedMedwww.cjebm.org.cn
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