试剂作用 汇总
试剂
1.DTT
二硫苏糖醇(Dithiothreitol,简称为DTT)是一种小分子有机还原剂,化学式为C4H10O2S2。其还原状态下为线性分子,被氧化后变为包含二硫键的六元环状结构。二硫苏糖醇的名字衍生自苏糖(一种四碳单糖)
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内容需要下载文档才能查看异构体为二硫赤糖醇(DTE),即DTT的C3-差向异构体。
二硫苏糖醇 分子结构式
DTT的还原力受pH值的影响,只在pH值大于7的情况下能够发挥还原作用。这是因为只有脱去质子的硫醇盐负离子(-S–)才具有反应活性,硫醇(-SH)则没有;而巯基的pKa一般为~8.3
2.Tris
Tris为弱碱,在25℃下,它的pKa为8.1;根据缓冲理论,
Tris缓冲液的有效缓冲范围在pH7.0到9.2之间。Tris碱的
水溶液pH在10.5左右,一般加入盐酸以调节pH值至所需
值,即可获得该pH值的缓冲液。但同时应注意温度对于Tris
的pKa的影响。
由于Tris缓冲液为弱碱性溶液,DNA在这样的溶液中会被
去质子化,从而提高其溶解性。人们常常在Tris盐酸缓冲液
中加入EDTA制成“TE缓冲液”,TE缓冲液被用于DNA的
稳定和储存。如果将调节pH值的酸溶液换成乙酸,则获得
“TAE缓冲液”(Tris/Acetate/EDTA),而换成硼酸则获得
“TBE缓冲液”(Tris/Borate/EDTA)。这两种缓冲液通常用
于核酸电泳实验中
Tris常用作生物缓冲液,常配成pH值为6.8,7.4,8.0,8.8。其pH值随温度变化很大。一般来说,温度每升高一度,PH值下降0.03。
1M Tris-HCl 6.8和1.5M Tris-HCl 8.8是SDS-PAGE最常用的试剂。
而由Tris配成的TAE,TBE等是DNA电泳最常用的试剂,TE(pH8.0)主要用于溶解DNA。(TE为 Tris加EDTA合称。)
3.Edta
可螯合金属离子,减弱dnase活性 (DNase I活性依赖于钙离子,并能被镁离子或二价锰离子激活。镁离子存在条件下,DNase I可随机剪切双链DNA的任意位点;二价锰离子存在条件下,DNase I可在同一位点剪切DNA双链,形成平末端,或1-2个核苷酸突出的粘末端。
辅因子:Ca2+
活化剂:Mg2+
抑制剂:EDTA (可逆的)
4.Sds SDS是一种已知的能够使蛋白质变性的去污剂。它用于确定蛋白分子量的聚丙烯酰胺凝胶电泳。它也可以用于核酸抽提操作中破坏细胞及裂解(核酸:蛋白复合物)。在较高温度下,破坏蛋白质与DNA的结合,使DNA释放出来。
5.DAPI
DAPI 为一种荧光染料,可以穿透细胞膜与细胞核中的双链DNA结合而发挥标记的作用,可以产生比DAPI自身强20多倍的荧光,和EB相比,对双链DNA的染色灵敏度要高很多倍。
6.
Strep-tag技术开发的原理是众所周知的生物素(biotin)和抗生物素蛋白链菌素(streptavidin)之间的结合反应。为了将这种牢固的相互作用用于蛋白质纯化用途,研究者们发现需要一个肽,该肽与重组蛋白质融合后,能够结合在streptavidin的生物素结合口袋,从而作为纯化tag。最后研究者们成功设计出一个只由8个氨基酸(Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys)构成的短序列并称之为Strep-tag II
The Strep-tag is a synthetic peptide consisting of eight amino acids (Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys). This peptide sequence exhibits intrinsic affinity towards Strep-Tactin, a specifically engineered streptavidin
7.
HA标签系统利用一个HA (流感病毒血凝素,influenza hemagglutinin epitope: YPYDVPDYA)短肽肽融合到目标蛋白。HA标签可位于蛋白质的C端或N端,该系统已广泛应用于多种细胞类型,相应的HA标签抗体也被广泛应用。HA 标签抗体能特异识别C末端或N末端带有HA标签(HA-tagged)的融合蛋白,也可以用于检测和HA tag融合表达蛋白的表达、细胞内定位,以及纯化、定性或定量检测HA tag融合表达蛋白等。
8
loading buffer
中文名字叫上样缓冲液,6*的缓冲液中可以显示两条带,前面的紫兰色的条带是溴酚蓝,在0.6%、1%、
1.4%和2%琼脂糖凝胶电泳中,溴酚兰的迁移率分别与1Kb、0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的双链线性DNA
片段大致相同;后面的兰色条带是二甲苯青,它在1%和1.4%琼脂糖中电泳时,其迁移速率分别与2Kb和1.6Kb的双链线性DNA大致相似。而对于PAGE胶他们的迁移速率也分别不同。
loading buffer的功能主要有两个。第一,里边的指示剂溴酚蓝和二甲苯氰FF起到指示的作用,显示电泳的进程,以便我们适时终止电泳;第二,里边的成分甘油可以加大样品密度,使样品密度大于TAE,从而沉降到点样孔中,防止样品飘出点样孔。另外,有的Buffer是加有SDS的,一般都会写明。SDS主要是促使聚合酶变性,因为没有除尽的聚合酶会结合在DNA双链上影响它的迁移速率。细胞裂解后的裂解液,加loading 100℃加热,也是为了中止酶促反应,防止提取的蛋白质降解。
6×loading buffer 一般配置:
30mM EDTA
36%(v/v) Glycerol
0.05%(w/v) Xylene Cyanol FF
0.05%(w/v) Bromophenol Blue
主要用于DNA电泳
9.BrdU
5-溴脱氧尿嘧啶核苷
可代替胸腺嘧啶在DNA合成期(S期),活体注射或细胞培养加入,而后利用抗Brdu单克隆抗体,ICC染色,显示增殖细胞。同时结合其它细胞标记物,双重染色,可判断增殖细胞的种类,增殖速度,对研究细胞动力学有重要意义。
10.LB培养基
液态
根据《分子克隆实验指南》(J.萨姆布鲁克D.W.拉塞尔著)配制每升培养基,应该在950 ml去离子水中加入:
胰蛋白胨10g
酵母提取物5g
NaCl 10g
摇动容器直至溶质溶解.用5mol/LNaOH调pH至7.0.用去离子水定容至1L.在15psi高压下蒸汽灭菌21min.
固态
LB固体培养基1L和液体一样,加10g~15g琼脂粉,一定要在温度降下之前加好抗生素,并且倒好板
1.配制:100mlLB培养基加入1~1.5g琼脂粉
2.抗生素的加入:高压灭菌后,将融化的LB固体培养基置于55℃的水浴中,待培养基温度降到55℃时(手可触摸)加入抗生素,以免温度过高导致抗生素失效,并充分摇匀。
3.倒板:一般15ml-20ml倒1个板子。培养基倒入培养皿后,打开盖子,在紫外下照10-15分钟。
4.保存:用封口胶封边,并倒置放于4℃保存,一个月内使用。
ph值需要控制在7.4
11.胰蛋白胨
胰蛋白胨,又称胰酪蛋白胨(Casein Tryptone)[1] 、胰酶消化酪蛋白胨(Pancreatic digest of casein),是一种优质[2] 蛋白胨,是以新鲜牛肉和牛骨经胰酶消化,浓缩干燥而成的浅黄色粉末。具有色浅、易溶、透明、无沉淀等良好的物理性状。
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