olex2初级指南

上传者：李国伟
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上传时间：2015-04-15
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olex2初级指南

Olex2 初级指南

By lich666（email：，qq：348511586） 0 前言

0.1 为什么要使用olex2

Olex2同shelxtl类似，均为集成的晶体解析软件，具有解析、精修、画图等多种功能。二者均是年龄10年以上的老软件了，许多晶体学软件已经不更新了，但是它们依然有人维护，不断推出新版本。随着不断发展，二者已臻成熟，不乏使用者。经过本人使用，发现两者有诸多优缺点。

Olex2具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而shelxtl大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。

Olex2具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手动保存

Olex2扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用platon。Shelxtl只能使用自带的xs和xl软件。

Olex2 虽然自带多种实用工具，如solvent mask和twinning等，但是这些工具多半有瑕疵，发文章不推荐使用，去除溶剂和孪晶最好用platon代替。Shelxtl所带的工具较少，仅有Xprep，但可以帮我们解决许多问题。

Olex2具有上述多种优点，下面就开始olex2从头开始的教程。

本教程只是给自己实验室留点纪念且想给学习olex2的同学们一个参考，文中仅代表个人观点，本人学习结构解析仅两年有余，olex2软件全靠自己钻研，难免有疏漏，如有错误请直接指出。

0.2 配置olex2

首先需要到网站（这个网站现在需要注册）上下载olex2的最新版本1.2.5，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且32位系统下载32位版本，64位版本下载64位版本（本教程以64位版本为例，如果懒得去官网可去百度网盘下载已按下文配置好的版本，百度网盘里还有platon和shelx2013中的shelxl、shelxs）。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路径名的文件夹里，如D:\c\olex2-win64中。

不推荐使用其自带的解析和精修软件，你需要将Shelxtl软件包中的xl.exe和xs.exe（如果使用Shelxtl2013需要复制shelxl.exe和shelxs.exe）复制到olex2所在文件夹中，如下图0-1所示。配置完后就可以使用了。

图0-1

如果需要使用platon，需要去platon下载platon.zip和pwt.zip，将platon.zip中的platon.exe和check.def复制到olex2文件夹中，再将pwt安装后的salflibc.dll复制到olex2文件夹中即可。如下图0-2所示。

图0-2

其他软件如sir、jana、SuperFlip等均可被olex2支持。如果它们已经安装在你的计算机上的话，那么直接打开olex2就可以使用它们。如果只有一个文件的话，像shelxl.exe一样直接复制到olex2所在文件夹中就可以使用了。 1 晶体解析实例

下面使用多个实例来讲解olex2中各种实用功能。本讲解适合于对晶体解析有一定基础，但是没有使用过olex2的同学。如果你晶体解析基础为0，请了解晶体解析的一些基础之后再来看本教程。

1.1 olex2自带的Sucrose例子

双击olex2.exe打开程序，可见如下界面，见图1-1。选择菜单栏中File>Open

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，

此时弹出Open File对话框，继续选择我们的第一个例子Sucrose，相应文件位于D:\c\olex2-win64\sample_data\sucrose中（假设olex2解压路径为D:\c\olex2-win64\，下同），见图1-2选择sucrose.ins，点击打开按钮，打开相应文件，如图1-3所示。右上角显示了元素组成、晶体学参数、数据完整度等数值。

图1-1

图

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1-2

图1-3

这个数据虽然已经解析好，我们要从头解析一遍。点击Work选项卡

，选择Solve选项卡后面的小三角

如下界面，如下图1-4所示。，出现

在Solution Program中选择ShelXS，在Solution Method中选择Direct Method。然后直接点击，进行解析，结果见下图1-5所示。

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图1-5

背景中显示RE=0.175（如果显示不全，可以在程序最下方>>处输入lines 50然后回车），同时前景图上显示多个褐色的圆球，这些圆球均为Q峰，且颜色深浅表示电子云密度的大小。通过滚轮上/下滚动可以增加/减少显示一个Q峰，滚动滚轮让屏幕中只显示适当的Q峰后点击