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网状Meta分析中网状关系图的绘制

上传者:迟小羽
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上传时间:2015-05-05
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网状Meta分析中网状关系图的绘制

网状Meta

超,

畅2

曾宪涛-y

1.湖北医药学院附属太和医院循证医学中心(湖北十堰442000);2.武汉大学中南医院泌尿外科(武汉430071);3.湖北医药学院附属太和医院口腔科(湖北十堰442000)

摘要网状关系图能够清晰地展示网状Meta分析时各干预措施间存在的直接比较关系。目前有较多绘制网状关系图的方法,但不同方法绘制的网状关系图所提供的信息量有所区别,且软件不同,其操作的友好程度亦不

一样。本文简要介绍了如何应用R软件network程序包和gemtc程序包、Stata软件、ADDIS软件绘制网状关系图,并对其异同点进行了比较。

关键词网状Meta分析;网状关系图;network程序包;gemtc程序包;ADDIS软件;Stata软件;R软件

DrawingofNetworkPlotsofNetworkMeta.Analysis

ZHANGCha01,XUChan92,ZENGXian—ta01 3+

j.Centerfor

Evidence—BasedMedicineandClinicalResearch,TaiheHospital,HubeiUniversityofMedicine,Sh纱an442000,China;

2.Department

ofUrology,ZhongnanHospital,Wuhan

Networkplots

can

University,Wuhan430071,China;

3.DepartmentofStomatology,TaiheHospital,HubeiUniversityoJMedicine,Shiyan442000,China

Abstract

tionsin

clearlypresenttherelationshipsamongthedirectcomparisonsofvariousinterven—

are

network

meta—analysis.Currently,there

somemethodsofdrawing

user

network

plots.However,theinformation

providedby

network

plotandtheinterface—friendlydegreetodifferinthekindsofsoftware.Thisarticlebriefly

on

introduceshowtodrawnetworkplotsusingthenetworkpackageandgemtcpackagethatbaseware,andADDISsoftware,anditalsocomparesthesimilaritiesanddifferencesamongthem.

Keywordsware;Rsoftware

Network

RSoftware,Statasoft—

meta—analysis;Networkplot;Networkpackage;Gemtcpackage;ADDISsoftware;Statasoft—

网状Meta分析…已经成为临床证据生产的新方法。在做网状Meta分析时,各种干预措施间往往同时存在直接比较与间接比较[2】,这使得其间的关系显得较为复杂。此时,仅通过数据本身来直观反映其间关系较为困难,网状关系图的出现很好的解决了这一问题。通过网状关系图,可以清晰地呈现哪些干预措施间存在直接比较,以及哪些干预措施间可以通过何种干预措施进行间接比较。目前,网状关系图的绘制方法较多,且各有特点。本文仍采

用NICE

DSU

1.1

R软件的安装及加载network程序包

因是基于R软件,故需先行安装R软件(详见

《R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文【41)。目前R软件的最新版本为R

3.0.1,

为保持系列文章的一致性,本文仍采用R2.15。

安装完毕后,双击桌面的R软件图标,即可启动R的交互式窗口(R—GUI)。命令提示符‘‘>’’后,输人命令instaH.packages(‘'network'’),选择镜像安装(CRAN),安装完成后可由library(‘'network'’)命令完成加载。加载完成后即可使用。

1.2网状图绘制

TSD中有效性的数据131(详见《R软

件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文表1【4】),简要介绍如何使用几种常用的编程及非编程软件绘制网状关系图。

本文例题纳入的64个研究中有12个为3臂研究[3,41,然而在http://www.mtm.uoi.gr/网站上所提供的‘'mtm.networkplot.fun'’文件为两臂研究网状关

系图的绘制;需要将所有3臂研究转换为2臂方可

R软件network程序包绘制网状关系图

基金项目:湖北省教育科学“十二五”规划2012年度重点课题(2012A050),湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01),湖北医药学院附属太和医院2013年循证医学“苗圃基金”项目(EBM2013004)。

作者简介:张超,男(1988年~),住院医师,以循证医学、系统评价

/Meta分析为主要研究方向。Email:zhangcha00803@126.COrn

进行网状关系图的绘制,因此笔者自行编写了适用于含3臂研究的代码,使用network程序包绘制网状图。其步骤如下:

1.2.1建立网状模型在网状图绘制之前,我们需要建立一个网状模型以存储各干预措施的同一结局

II愀I

。2们3跏砌旭彻州伽”,:篙瓣:等雁羁回

万方数据

网状Meta

指标间的关系,此时需要使用到‘'matrix()'’函数及‘'network()”。在本例中,我们则需要建立一个14x14的矩阵或14个顶点网状数据。

‘'matrix()'’函数的命令及结果如下:

>nnat<一matrix(0,14,14)

>nnat

【,1】【,2】【,3】【,4】【,5】【,6】【,7】【,8】【,9】【,10】【,11】[,12】【,13】【,14】【1,】00

【2,】00000000000000【3,】00000000000000【4,j

0000000000000【5,】00000000000000[6,]00000000000000【7,】00000000000000[8,J

0000000000000[9,】00000000000000

[10,J00000000000000【11,】00000000000000【12,】00000000000000【13,】00000000000000【14,】0

‘'network()”函数的命令及结果如下:

>netdata

Networkattributes:vertices=14directed=TRUEhyper=FALSEloops=FALSEmultiple=FALSEbipartite=FALSE

totaledges=0

missingedges=0non—missingedges=0Vertexattributenames:

Vertex.names

1.2.2处理数据间关系

由于网状模型反映的是

1.2.3

导入数据在完成上述步骤后,即可将数据

@2013中国循证医学杂志编辑部www.cjebm.org.cn

万方数据

>netdata<一network(nnat,directed=FALSE)

>netdata

Networkattributes:

vertices=14

directed=FALSEhyper=FALSEloops=FALSEmultiple=FALSEbipartite=FALSE

totaledges=36missingedges=0non—missingedges=36Vertexattributenames:

vertex.namas

网状数据调整根据样本量的大小来确定

第一,调整节点间线条粗细及节点的大小,命edge=nnat+lO/max(nnat)

mzt=zt/1000

第二,设置图像的边框,命令为

par(cex=1)

par(mai=c(O,0,0,0))

pltitle<一””

上述操作流程完成后,需

plot(netdata,mode=”circle",displaylabels=TRUE,vertex.

绘制的网状关系图见图1。图中各顶点分别代025例),Fluvoxamine的样本量最小(127例)。R软件gemtc程序包绘制网状关系图

cJ|■M

1383

1.2.4

调整的方向,本例由于样本量过大,为了图形可视性,笔者将其进行了等比例缩小。其具体操作如下:

令为

1.2.5绘制网状关系图要执行‘‘plot(),’命令以继续完成网状关系图的绘制,

具体命令如下:

cex=mzt,boxed.1abel=FALSE,edge.1wd=edge)

表安慰剂和13种药物,顶点大小表示各种干预措

施最终纳入的样本量,如Placebo纳入的样本量最大(3顶点间的线条表示两者间存在直接比较(如Bupro—pion与Paroxetine之间无直接比较),其粗细表示纳入研究的数目(如比较Placebo与Duloxetine的研究数多于Placebo与Paroxetine的研究数)。

各数据间的关系,因此,此时所需导入的数据并非原始数据,而是需要经过一定的处理方可导入网状模型内。具体转换操作步骤及命令见框l。

导人到网状模型中,需要使用“network()”函数,命

令如下:

网状Meta

gemtc程序包151不仅可以行网状Meta分析(笔者将有文章专行介绍【6】),还可以绘制网状关系图。该程序包的优点为在运算及绘图方面均较为简单方

便,只需要操作者熟悉R软件的操作即可;其缺点是关系图只能反映各研究之间存在的直接比较关系,无法通过顶点的大小和线条的粗细反应样本量

框1数据间关系处理步骤及命令

第一步,依据各种研究的样本量确定各节点的大小:

for(iin1:14)

{forOinl:length(t[,l】))

{if(t[j,l】==i){双fi】<一zt隧+nD,1】}else{nexfli

for(k

for(h

in

in

hlength(t[,2】)){if(t[k,2】-=i){zt[i】<一zt【i】+n【k'2】}else{next}}

l:length(t[,3】)){if(is.na(t[h,3】)==o){if(t[h,3卜=i){zt【i】<一zt[il+n[h,3】}else{next}}else{next}}

Zt

…3025

6382281136180512382282127305291126217722781322

第二步,依据各研究组间样本量确定两者间线条的粗继,建立矩阵‘'nnaf’数据:

for】[『iinl:length(t[,10)

{if(t[i,3】_=O){nnat[t【_I,1】,t[i,2】】(一nnat[t[i,13,t[i,211+n[i,1】+n[i,21}

else{nnat[t[i,1】,t[i,21]<一nnat[t[i,l】,t[i,2j】+n[i,l】+n[i,2】

nnat[t[i,1】,t[i,3】】<一nnat[t[i,1】,t[i,3]】+n[i,1】+n【i,3】nnat[t[i,2】’t[i,3"<一nnat[t[i,21,t[i,3]】+n[i,2】+n【i,3】}

>new_nnat<一nnatl+nnat

>neW—nnat

【,1】

【1,】|-0[2,】

789

【,2】

789

[,3】

【,4】

[,5】

2243

[,6】

411

【,7】

1252

[,8】

36

【,9】

[,10】【,11】[,12】f,13】【,14】

216

0…1830560

16250

599

0000

240

42700103

240

217

0000

0000

727000

215

124

【3,}0【4,】

1830

0000

427

000240

004740

001045

459

000

。O

4740

1120

01120

00

00

198

[5,卜2243【6,】411【7。。1252[8,】

36

1030

240

00

132

0000000

132125000

40

690027540

712

00

1788

021700002750200

[9,9】0【10,】f11,j

216560

000727

124

00

000160192

2000108

122

000

000

01045

0459

215

125690

712

[12,}1625

1600

192108

470

00

[13,】0[14,l

599

00

122470

00001981788

第三步,命名各节点药物:

colnames(nnat)<一c(”Placebo","Bupropion","Citalopram","Desvenlafaxine","Duloxetine","Escitalopram",'’Flu

oxetine",'’Fluvoxamine","Mirtazapine","Nefazodone”,”Paroxetine","Sertraline","Trazodone",”Velafaxine")

cJtBM

1384

@2013EditorialBoard

ofChin,Evid—basedMed

www.qebmorg.cn

万方数据

网状Meta

中国循证医学杂志2013,13(11):1382~1386

和研究数目,因此,其所携带的信息质量及数量有所欠缺。

其通过‘'plot()”绘制的网状图形见图2。该网状图A~N各顶点分别代表安慰剂和13种药物,为了美观,笔者使用A—N来分别表示各种治疗药物,具体药物对应如下:

的非编程软件,其操作简单,适合初试者使用,但资料录入较为繁琐,类似于RevMan软件【101。数据录入完成后,通过点击相关的运算操作即获得结果及相应的网状关系图(笔者将另有文章专行介绍

图1

propl¨11

tal。”

A:Placebo;B:Bupropion;C:Citalopram;D:Des—

venlafaxine;E:Duloxetine;F:Escitalopram:G:Fluoxetine;

H:Fluvoxamine;I:Mirtazapine;J:Nefazodone;K:Parox—etine;L:Sertraline;M:Trazodone;N:Velafaxine。

Stata软件绘制网状关系图

Stata软件是当前公认的行Meta分析功能最强

大的软件【7]。Stata软件进行网状Meta分析及网状关系图的绘制是基于其‘'program'’指令实现,相关程序由AnnaChaimani编写,其操作简便易懂[8】。Stata行网状Meta分析笔者将另有文章专行讲述,本文仅介绍网状关系图的绘制。

与R软件相似,使用Stata软件行网关系图的绘制之前也需要运行相关脚本,可以在www.mtm.uoi.gr/STATA.html网页【8】下载,并将脚本文件复制到‘base'’文件目录下。值得注意的是,该命令是基于已编程好的脚本而执行的,因此需要按照该脚本的两臂形式对数据进行输入(也可自行编写3臂脚本文件,本例为与R软件3臂绘制图形作对比,仍沿用其原本两臂脚本文件)。数据输入完成后,进行网状图的绘制则需应用‘'networkplot'’命令(命令为:t2,noweight),产出的网状图可依据

个人喜好在‘'GraphEditor'’菜单下进行编辑。

networkplottl

慕嚣》

④O④①①

◎、

藜过

R软件network程序包绘制的网状关系

◇|。醛》∥◇

j…◇

④!

图2

Escitalopram

绘制的网状关系图见图3。此网状关系图与R软件network程序包绘制的图所反映信息,单从图形表面上看两者相似,但实际上所提供的信息具有一定差异。根据编写的源代码分析,其与R软件制作的网状图唯一的相同点在于:线条均表示两种药物之间的直接比较,粗细反映了两者间的直接比较的研究组数;而不同点在于,Stata网状图顶点表示为最终纳入该点药物的总研究组数,这一点应注意与R软件绘制的网状图相区别。另外,其对各顶点大小与线条粗细的缩放比例不一致,且该药名排序依据是默认按药物的首字母排列的。

Duloxetine

R软件gemtc程序包绘制的网状关系

ADDIS软件绘制网状关系图

ADDIS(AggregateDataDrugInformationSys—

tem)软件㈦9t是一款开发用于制作网状Meta分析

图3Stata软件绘制的网状关系

JC.l量3

万方数据

厦回::出焉三酵拣懈部

脒叭

网状Meta

图形直观易懂,并且图形所提供信息量较全面,其

囤圈ij

中线条间的数值表示各干预措施之间直接比较的研究数目,但其数据输入较为繁琐。

综上所述,从反映检验效能的统计学的角度分析,R软件network程序包所绘制的网状图与之更加切合,笔者倾向使用R软件network程序包来绘制网状关系图。考虑到使用者的爱好差异等因素,建议根据个人的需求及对软件的掌握程度来挑选相

应的方法。

参考文献

LumleyT.Network

>j

3,A

,7

;一巨至巫习’

meta—analysisforindirecttreatmentcompari-

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IonasDE,WilkinsTM,BangdiwalaS,eta1.FindingsofBayesianMixedTreatmentComparisonMeta-Analyses:Comparisonand

ExplorationUsingReal—WorldTrialDataandSimulation[Internet].

图4ADDIS软件绘制的网状关系

ADDIS软件)(见图4)。

图上各方框表示为其标记的安慰剂及13种药物,线条表示两种药物间存在直接比较,而线条上的数值反映为各干预措施之间直接比较的数目。

Rockville(MD):Agency

2013

Treatment

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4曾宪涛,张超,郭毅.R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中

的应用.中国循证医学杂志,2013,13(9):1137.1144—

van

5结语

通过上述网状图形绘制方法及网状关系图(图1~4)的比较可以发现:R软件network程序包所绘制的网状图形直观易懂,包含的信息量较大,但操作较为复杂易出错,需要具有一定的R语言基础方可完成。R软件gemtc程序包的操作使用较为简单方便,但其绘制的网状图形所能提供的信息量有限。Stata软件操作语言简单,但依据上述脚本只能将数据转换为两臂进行导人运行,最后还需使

用‘'GraphEditor'’菜单来对图形进行相关美化,但

ValkenhoefG,LuG,deBrockB,et

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7罗杰,冷卫东,主编.系统评价/Meta分析理论与实践.北京:军事

医学科学出版社,2012:179.214.

UsingSTATAforNetwork

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WWW.mtm.uoi.gr/STATA.html.9

van

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SupportSyst,

10曾宪涛,李胜,雷晋,等.ReviewManager5软件在诊断准确性试验

的Meta分析中的应用.湖北医药学院学报,2013,32(1):6-16.

收稿日期:2013—05—12

修回日期:2013—09—18

本文编辑:杜亮

笔者认为其图形所提供的信息在统计学方面仍比R软件network程序包逊色。ADDIS软件的操作简单,

IICJEBM

II.1386.

。I万方数据

。2叫3尉抒”蛔旧“埘@m嬲辚鬻避回

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