网状Meta分析中网状关系图的绘制
上传者:迟小羽|上传时间:2015-05-05|密次下载
网状Meta分析中网状关系图的绘制
网状Meta
张
超,
徐
畅2
曾宪涛-y
1.湖北医药学院附属太和医院循证医学中心(湖北十堰442000);2.武汉大学中南医院泌尿外科(武汉430071);3.湖北医药学院附属太和医院口腔科(湖北十堰442000)
摘要网状关系图能够清晰地展示网状Meta分析时各干预措施间存在的直接比较关系。目前有较多绘制网状关系图的方法,但不同方法绘制的网状关系图所提供的信息量有所区别,且软件不同,其操作的友好程度亦不
一样。本文简要介绍了如何应用R软件network程序包和gemtc程序包、Stata软件、ADDIS软件绘制网状关系图,并对其异同点进行了比较。
关键词网状Meta分析;网状关系图;network程序包;gemtc程序包;ADDIS软件;Stata软件;R软件
DrawingofNetworkPlotsofNetworkMeta.Analysis
ZHANGCha01,XUChan92,ZENGXian—ta01 3+
j.Centerfor
Evidence—BasedMedicineandClinicalResearch,TaiheHospital,HubeiUniversityofMedicine,Sh纱an442000,China;
2.Department
ofUrology,ZhongnanHospital,Wuhan
Networkplots
can
University,Wuhan430071,China;
3.DepartmentofStomatology,TaiheHospital,HubeiUniversityoJMedicine,Shiyan442000,China
Abstract
tionsin
a
clearlypresenttherelationshipsamongthedirectcomparisonsofvariousinterven—
are
network
a
meta—analysis.Currently,there
somemethodsofdrawing
a
user
network
plots.However,theinformation
providedby
network
plotandtheinterface—friendlydegreetodifferinthekindsofsoftware.Thisarticlebriefly
on
introduceshowtodrawnetworkplotsusingthenetworkpackageandgemtcpackagethatbaseware,andADDISsoftware,anditalsocomparesthesimilaritiesanddifferencesamongthem.
Keywordsware;Rsoftware
Network
RSoftware,Statasoft—
meta—analysis;Networkplot;Networkpackage;Gemtcpackage;ADDISsoftware;Statasoft—
网状Meta分析…已经成为临床证据生产的新方法。在做网状Meta分析时,各种干预措施间往往同时存在直接比较与间接比较[2】,这使得其间的关系显得较为复杂。此时,仅通过数据本身来直观反映其间关系较为困难,网状关系图的出现很好的解决了这一问题。通过网状关系图,可以清晰地呈现哪些干预措施间存在直接比较,以及哪些干预措施间可以通过何种干预措施进行间接比较。目前,网状关系图的绘制方法较多,且各有特点。本文仍采
用NICE
DSU
1.1
R软件的安装及加载network程序包
因是基于R软件,故需先行安装R软件(详见
《R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文【41)。目前R软件的最新版本为R
3.0.1,
为保持系列文章的一致性,本文仍采用R2.15。
安装完毕后,双击桌面的R软件图标,即可启动R的交互式窗口(R—GUI)。命令提示符‘‘>’’后,输人命令instaH.packages(‘'network'’),选择镜像安装(CRAN),安装完成后可由library(‘'network'’)命令完成加载。加载完成后即可使用。
1.2网状图绘制
TSD中有效性的数据131(详见《R软
件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用》一文表1【4】),简要介绍如何使用几种常用的编程及非编程软件绘制网状关系图。
l
本文例题纳入的64个研究中有12个为3臂研究[3,41,然而在http://www.mtm.uoi.gr/网站上所提供的‘'mtm.networkplot.fun'’文件为两臂研究网状关
系图的绘制;需要将所有3臂研究转换为2臂方可
R软件network程序包绘制网状关系图
基金项目:湖北省教育科学“十二五”规划2012年度重点课题(2012A050),湖北医药学院2011年度优秀中青年科技创新团队项目(2011CZX01),湖北医药学院附属太和医院2013年循证医学“苗圃基金”项目(EBM2013004)。
作者简介:张超,男(1988年~),住院医师,以循证医学、系统评价
/Meta分析为主要研究方向。Email:zhangcha00803@126.COrn
进行网状关系图的绘制,因此笔者自行编写了适用于含3臂研究的代码,使用network程序包绘制网状图。其步骤如下:
1.2.1建立网状模型在网状图绘制之前,我们需要建立一个网状模型以存储各干预措施的同一结局
II愀I
。2们3跏砌旭彻州伽”,:篙瓣:等雁羁回
万方数据
网状Meta
指标间的关系,此时需要使用到‘'matrix()'’函数及‘'network()”。在本例中,我们则需要建立一个14x14的矩阵或14个顶点网状数据。
‘'matrix()'’函数的命令及结果如下:
>nnat<一matrix(0,14,14)
>nnat
【,1】【,2】【,3】【,4】【,5】【,6】【,7】【,8】【,9】【,10】【,11】[,12】【,13】【,14】【1,】00
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
【2,】00000000000000【3,】00000000000000【4,j
0
0000000000000【5,】00000000000000[6,]00000000000000【7,】00000000000000[8,J
0
0000000000000[9,】00000000000000
[10,J00000000000000【11,】00000000000000【12,】00000000000000【13,】00000000000000【14,】0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
‘'network()”函数的命令及结果如下:
>netdata
Networkattributes:vertices=14directed=TRUEhyper=FALSEloops=FALSEmultiple=FALSEbipartite=FALSE
totaledges=0
missingedges=0non—missingedges=0Vertexattributenames:
Vertex.names
1.2.2处理数据间关系
由于网状模型反映的是
1.2.3
导入数据在完成上述步骤后,即可将数据
@2013中国循证医学杂志编辑部www.cjebm.org.cn
万方数据
>netdata<一network(nnat,directed=FALSE)
>netdata
Networkattributes:
vertices=14
directed=FALSEhyper=FALSEloops=FALSEmultiple=FALSEbipartite=FALSE
totaledges=36missingedges=0non—missingedges=36Vertexattributenames:
vertex.namas
网状数据调整根据样本量的大小来确定
第一,调整节点间线条粗细及节点的大小,命edge=nnat+lO/max(nnat)
mzt=zt/1000
第二,设置图像的边框,命令为
par(cex=1)
par(mai=c(O,0,0,0))
pltitle<一””
上述操作流程完成后,需
plot(netdata,mode=”circle",displaylabels=TRUE,vertex.
绘制的网状关系图见图1。图中各顶点分别代025例),Fluvoxamine的样本量最小(127例)。R软件gemtc程序包绘制网状关系图
cJ|■M
1383
1.2.4
调整的方向,本例由于样本量过大,为了图形可视性,笔者将其进行了等比例缩小。其具体操作如下:
令为
1.2.5绘制网状关系图要执行‘‘plot(),’命令以继续完成网状关系图的绘制,
具体命令如下:
cex=mzt,boxed.1abel=FALSE,edge.1wd=edge)
表安慰剂和13种药物,顶点大小表示各种干预措
施最终纳入的样本量,如Placebo纳入的样本量最大(3顶点间的线条表示两者间存在直接比较(如Bupro—pion与Paroxetine之间无直接比较),其粗细表示纳入研究的数目(如比较Placebo与Duloxetine的研究数多于Placebo与Paroxetine的研究数)。
2
各数据间的关系,因此,此时所需导入的数据并非原始数据,而是需要经过一定的处理方可导入网状模型内。具体转换操作步骤及命令见框l。
导人到网状模型中,需要使用“network()”函数,命
令如下:
网状Meta
gemtc程序包151不仅可以行网状Meta分析(笔者将有文章专行介绍【6】),还可以绘制网状关系图。该程序包的优点为在运算及绘图方面均较为简单方
便,只需要操作者熟悉R软件的操作即可;其缺点是关系图只能反映各研究之间存在的直接比较关系,无法通过顶点的大小和线条的粗细反应样本量
框1数据间关系处理步骤及命令
第一步,依据各种研究的样本量确定各节点的大小:
for(iin1:14)
{forOinl:length(t[,l】))
{if(t[j,l】==i){双fi】<一zt隧+nD,1】}else{nexfli
for(k
for(h
in
in
i
hlength(t[,2】)){if(t[k,2】-=i){zt[i】<一zt【i】+n【k'2】}else{next}}
l:length(t[,3】)){if(is.na(t[h,3】)==o){if(t[h,3卜=i){zt【i】<一zt[il+n[h,3】}else{next}}else{next}}
}
Zt
…3025
6382281136180512382282127305291126217722781322
第二步,依据各研究组间样本量确定两者间线条的粗继,建立矩阵‘'nnaf’数据:
for】[『iinl:length(t[,10)
{if(t[i,3】_=O){nnat[t【_I,1】,t[i,2】】(一nnat[t[i,13,t[i,211+n[i,1】+n[i,21}
else{nnat[t[i,1】,t[i,21]<一nnat[t[i,l】,t[i,2j】+n[i,l】+n[i,2】
nnat[t[i,1】,t[i,3】】<一nnat[t[i,1】,t[i,3]】+n[i,1】+n【i,3】nnat[t[i,2】’t[i,3"<一nnat[t[i,21,t[i,3]】+n[i,2】+n【i,3】}
}
>new_nnat<一nnatl+nnat
>neW—nnat
【,1】
【1,】|-0[2,】
789
【,2】
789
[,3】
【,4】
[,5】
2243
[,6】
411
【,7】
1252
[,8】
36
【,9】
0
[,10】【,11】[,12】f,13】【,14】
216
0…1830560
0
16250
599
0
0000
0
0
240
42700103
240
0
217
0000
0
0000
0
727000
215
124
【3,}0【4,】
1830
0000
427
000240
0
004740
0
001045
459
000
0
。O
4740
1120
01120
0
00
0
00
198
[5,卜2243【6,】411【7。。1252[8,】
36
1030
0
240
0
00
132
0000000
0
132125000
40
690027540
0
712
0
00
1788
0
021700002750200
0
[9,9】0【10,】f11,j
216560
000727
124
00
0
000160192
0
2000108
122
000
000
0
01045
0
0
0459
215
125690
712
[12,}1625
0
0
1600
0
192108
0
470
00
[13,】0[14,l
599
00
122470
0
0
00001981788
第三步,命名各节点药物:
colnames(nnat)<一c(”Placebo","Bupropion","Citalopram","Desvenlafaxine","Duloxetine","Escitalopram",'’Flu
oxetine",'’Fluvoxamine","Mirtazapine","Nefazodone”,”Paroxetine","Sertraline","Trazodone",”Velafaxine")
cJtBM
1384
@2013EditorialBoard
ofChin,Evid—basedMed
www.qebmorg.cn
万方数据
网状Meta
中国循证医学杂志2013,13(11):1382~1386
和研究数目,因此,其所携带的信息质量及数量有所欠缺。
其通过‘'plot()”绘制的网状图形见图2。该网状图A~N各顶点分别代表安慰剂和13种药物,为了美观,笔者使用A—N来分别表示各种治疗药物,具体药物对应如下:
的非编程软件,其操作简单,适合初试者使用,但资料录入较为繁琐,类似于RevMan软件【101。数据录入完成后,通过点击相关的运算操作即获得结果及相应的网状关系图(笔者将另有文章专行介绍
吲
图1
醛
propl¨11
tal。”
A:Placebo;B:Bupropion;C:Citalopram;D:Des—
venlafaxine;E:Duloxetine;F:Escitalopram:G:Fluoxetine;
H:Fluvoxamine;I:Mirtazapine;J:Nefazodone;K:Parox—etine;L:Sertraline;M:Trazodone;N:Velafaxine。
3
Stata软件绘制网状关系图
Stata软件是当前公认的行Meta分析功能最强
大的软件【7]。Stata软件进行网状Meta分析及网状关系图的绘制是基于其‘'program'’指令实现,相关程序由AnnaChaimani编写,其操作简便易懂[8】。Stata行网状Meta分析笔者将另有文章专行讲述,本文仅介绍网状关系图的绘制。
与R软件相似,使用Stata软件行网关系图的绘制之前也需要运行相关脚本,可以在www.mtm.uoi.gr/STATA.html网页【8】下载,并将脚本文件复制到‘base'’文件目录下。值得注意的是,该命令是基于已编程好的脚本而执行的,因此需要按照该脚本的两臂形式对数据进行输入(也可自行编写3臂脚本文件,本例为与R软件3臂绘制图形作对比,仍沿用其原本两臂脚本文件)。数据输入完成后,进行网状图的绘制则需应用‘'networkplot'’命令(命令为:t2,noweight),产出的网状图可依据
个人喜好在‘'GraphEditor'’菜单下进行编辑。
networkplottl
慕嚣》
④O④①①
◎、
③
藜过
磊
@
R软件network程序包绘制的网状关系
◇|。醛》∥◇
j…◇
④!
图2
Escitalopram
绘制的网状关系图见图3。此网状关系图与R软件network程序包绘制的图所反映信息,单从图形表面上看两者相似,但实际上所提供的信息具有一定差异。根据编写的源代码分析,其与R软件制作的网状图唯一的相同点在于:线条均表示两种药物之间的直接比较,粗细反映了两者间的直接比较的研究组数;而不同点在于,Stata网状图顶点表示为最终纳入该点药物的总研究组数,这一点应注意与R软件绘制的网状图相区别。另外,其对各顶点大小与线条粗细的缩放比例不一致,且该药名排序依据是默认按药物的首字母排列的。
4
③
Duloxetine
R软件gemtc程序包绘制的网状关系
ADDIS软件绘制网状关系图
ADDIS(AggregateDataDrugInformationSys—
tem)软件㈦9t是一款开发用于制作网状Meta分析
图3Stata软件绘制的网状关系
JC.l量3
万方数据
厦回::出焉三酵拣懈部
脒叭
网状Meta
图形直观易懂,并且图形所提供信息量较全面,其
囤圈ij
?
中线条间的数值表示各干预措施之间直接比较的研究数目,但其数据输入较为繁琐。
综上所述,从反映检验效能的统计学的角度分析,R软件network程序包所绘制的网状图与之更加切合,笔者倾向使用R软件network程序包来绘制网状关系图。考虑到使用者的爱好差异等因素,建议根据个人的需求及对软件的掌握程度来挑选相
应的方法。
参考文献
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>j
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3
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图4ADDIS软件绘制的网状关系
ADDIS软件)(见图4)。
图上各方框表示为其标记的安慰剂及13种药物,线条表示两种药物间存在直接比较,而线条上的数值反映为各干预措施之间直接比较的数目。
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4曾宪涛,张超,郭毅.R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中
的应用.中国循证医学杂志,2013,13(9):1137.1144—
5
van
5结语
通过上述网状图形绘制方法及网状关系图(图1~4)的比较可以发现:R软件network程序包所绘制的网状图形直观易懂,包含的信息量较大,但操作较为复杂易出错,需要具有一定的R语言基础方可完成。R软件gemtc程序包的操作使用较为简单方便,但其绘制的网状图形所能提供的信息量有限。Stata软件操作语言简单,但依据上述脚本只能将数据转换为两臂进行导人运行,最后还需使
用‘'GraphEditor'’菜单来对图形进行相关美化,但
ValkenhoefG,LuG,deBrockB,et
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meta—analysis.ResSynthMethod,2012,3(4):285-299.
6张超,董圣杰,曾宪涛.R软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用.中国循证医学杂志,2013,13(10):1258.1264.
7罗杰,冷卫东,主编.系统评价/Meta分析理论与实践.北京:军事
医学科学出版社,2012:179.214.
8
UsingSTATAforNetwork
Meta—Analysis.Availablefrom:http://
WWW.mtm.uoi.gr/STATA.html.9
van
ValkenhoefG,TervonenT,ZwinkelsT,eta1.ADDIS:adecision
supportsystemforevidence—basedmedicine.Decis2012:Inpress.
SupportSyst,
10曾宪涛,李胜,雷晋,等.ReviewManager5软件在诊断准确性试验
的Meta分析中的应用.湖北医药学院学报,2013,32(1):6-16.
收稿日期:2013—05—12
修回日期:2013—09—18
本文编辑:杜亮
笔者认为其图形所提供的信息在统计学方面仍比R软件network程序包逊色。ADDIS软件的操作简单,
IICJEBM
II.1386.
。I万方数据
。2叫3尉抒”蛔旧“埘@m嬲辚鬻避回
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