蕺菜属资源rDNA+ITS序列分析
上传者:初剑峰|上传时间:2015-04-28|密次下载
蕺菜属资源rDNA+ITS序列分析
四川农业大学
硕士学位论文
蕺菜属资源rDNA ITS序列分析
姓名:赵欢
申请学位级别:硕士专业:生物化学与分子生物学
指导教师:吴卫
20080601
蕺菜属资源rDNAITS序列分析
研究生:赵欢
导师:吴卫教授
摘要
蕺菜为三自草科蕺菜属(HouttuyniacordataThunb.)植物,具清热解毒、消痈排脓、利尿通淋等功能。四川省为蕺菜的主要产区之一。据《中国植物志》和《四川植物志》,蕺菜属植物仅蕺菜HouttuyniacordataThunb.1种:2001年,
Z.Y.Zhu祝正银和张士良在峨眉山发现蕺菜属新种峨眉蕺菜Houttuyniaemeiensis
etS.L.Zhang。该种在峨眉、乐山等地俗称白侧耳根,也作蔬菜和鱼腥草药用。
四川和重庆地区的蕺菜资源分布很广,遗传多样性较大,存在11种不同细胞型和2种不同化学型。本研究对四川和重庆地区的23份蕺菜属资源的核糖体DNA(rDNA)ITS区序列进行分析,探讨其与蕺菜细胞型和化学型间关系。得到以下主要结果:
1.对23份蕺菜属资源进行rDNAITS序列分析,得到147条ITS序列,长度范围为670--一684bp。其中,ITSl的长度变异范围为231--一245bp,5.8SrDNA和ITS2的长度均分别为164bp、275bp。GC含量在所测材料中为55.5%--一56.9%,平均值为56.4%;其中,ITSl区的变化范围为54.7%"-56-3%,ITS2区为58.9%~60.4%,其平均值分别为55.8%和59.8%;5.8SrDNA为51.2%~52.8%,平均值51.8%。
2在所测23份蕺菜属资源材料的ITS区(含5.8SrDNA)的147条序列中,共有48个信息位点和136个变异位点,分别占总序列的7.02%和19.9%。其中ITSl具有22个信息位点和56个变异位点,分别占3.22%和8.19%;ITS2有16个信息位点和40个变异位点,分别占2.34%和5.85%;5.8SrDNA有8个信息位点和16个变异位点,分别占1.17%和2.33%。
3.除W01.16、W01.100、和W100.37的个别序列外,其余每份材料的各ITS序列长度均相同。W01.16、W01.100和W100.37的个别ITS序列长度的变异均位于ITSl,ITS2和5.8SrDNA均无长度上差异。W100.37的ITSl长度在所测序列中变化范围最大,为231-一245bp。其中,以W01—37.7的ITSl长度最短
(23lbp)。
4.所有蕺菜材料细胞型(包括八B,C,D,E,F,GH,I,J和K)内GS值分别为0.0056、0.0040、0.0096、0.0077、0.0091、0.0137、0.0092、0.0069、0.0093、0.0058和O.0089,平均值为0.0082。以染色体数目为82的细胞型类内GS值最大(0.0137),其次是染色体数目为72的细胞型(0.0096),染色体数目为54的细胞型内GS最小(O.0040)。
5.比较这11种不同细胞型的ITS序列可发现i5.8SrDNA序列高度保守,而ITSl和ITS2核苷酸序列变化较大。细胞型内ITS序列变异比细胞型间变异小。染色体数目小于72的材料比染色体数目大于或等于72的材料变异位点数目少。进一步分析发现,不同细胞型蕺菜材料类间GS值以染色体数目为36和82的细胞型间最大,为0.0149:以染色体数目为36和54的细胞型间最小,为0.0051。
6.以白苞裸裸蒴AF203628为外分类群,根据蕺菜属资源ITS序列遗传相似系数,采用邻接法(neighboringmethod)进行聚类分析发现,基于rrS序列划分的类群与细胞型间存在一定关系,所有供试材料的ITS序列可分为5类。其中,A类包括除w01.99,w01—45和w01.71#b的所有材料,B类材料染色体数大于或等于72:W01—81—1、W01.81.3和W01.81.4分别单独聚为一类。试验结果还表明,基于ITS序列划分的类群与化学型间也存在一定关系。
7.聚类图表明,同一份材料的几个不同ITS序列往往分布在不同的大类中,故利用rDNAITS序列不能将23份不同材料全部区分开,且峨眉蕺菜W01.86与染色体数目为36的蕺菜材料W01.9、W01.22和W01-48在ITS序列上无显著差异。试验结果还表明,蕺菜属资源根据rDNAITS区划分的类群同地理分布间相关不明显。关键词:蕺菜,种质资源,系统发育,ITS,分子标记,细胞型,化学型
PhylogenicrelationshipofHouttuyniaThunb.basedoninternaltranscribedspacer(ITS)sequencesofnuclearribosomalDNA
ZhaoHuan
DirectedByDr.WuWei
Abstract
HouttuyniacordataThunb.belongstogenusHouttuyniaofSaururaceae.Ithasthefunctionofantibacterial,anti-virusanddiuresis,andcouldenhancebodyimmunity.SichuanProvinceisoneofthemainproducingareasofH.cordataThunb.H.cordataistheonlyspeciesinHouttuyniaThunb。accordingtoFloraeReipublicaePopularisSinicaeandFloraSichuanica.Zhueta1.(2001)classifiedanewspeciesHemeiensisZ.YZhuetS.L.ZhanginthegenusHouttuyniacollectedatEmeimountaininSichuanprovince.ItWascalledcommonlyaswhiteYuxingcao,whichwasalsousedasvegetableandHERBAHOUTTYNIAEinEmeiandLeshanregions.HouttuyniaiswidelyspreadinSichuanandChongqingregionsofChina,includingIICytotypesand2Chemotypes.ThereexistedplentifulgeneticvariationsamonggenusHouttuyniagermplasmresources.Inthispaper,wereanalyzed.Themainresultswereasfollows:
1.ThePCRproductlengthoftheentireITSregions(including5.8SrDNA)inHouttuyniaWasfoundtofluctuatebetween670bpand684bp.ThelengthofITSlvariedfrom231to245bp,whilethatofITS2Wasuniformly275bpforallaccessions.Theoveralllengthofthe5.8SsubunitofaUHouttuyniaaccessionsexaminedWasalsouniformly164bp.TheG+CcompositionoftheHouttuyniaITSweresimilar,withvariationfrom55.5%to56.9%fortheentirespacerregion;from54.7%to56.3%forITS1.from51.2%to52.8%for5.8S,andfrom58.9%to60.4%forITS2,withanaverageof56.4%,55.8%,51.8%,59.8%,respectively.
2.AlignmentoftheentireITSsequencesfrom23accessionswereanalyzed.It
resultedin684characters,ofwhich43positions(7.02%)werepotentiallyphylogeneticallyinformativesitesand136positions(19.9呦werevariablesitesTheITSlregionhad22informativesites(3.22%)and56variablesites(8.19%),whiletheITS2regionhad16informativesites(2.34%)and40variablesites(5.84%).Therewere8informativesites(1.17%)and16variablesites(2.33%)
3.Thelengthsofamplifiedfragmentsfromeachintra-individualtaxaaresimilartoeachother,withtheexceptionofW01?16、W01—100、andW01-37,whichresultedfromthevariationsinITSl.TheoverallsizeoftheITS2and5.8SribosomalRNAgeneinW01?16、W01—100andW01—37were,respectively,275and164bp.SequenceanalysisoftheITS1amongdifferentsequenceinW01-37revealedsequencevariability,withsizesrangingfrom231to245bp.W01-37-9hadtheshortestITSllengthamonggenusHouttuynia,namely231bp,indicatingthepresenceofadeletioninthisaccession.
4.Theaverageintracytotypicgeneticsimilarity(GS)valueswithin11cytotypes(including八B,C,D,E,F,GH,I,JandI()were0.0056,0.0040,0.0096,O.0077,0.0091,0.0137,0.0092,O.0069,0.0093,0.0058,O.0089respectively,withtheaverageofO.0082.Theintracytotypicvariablesites(42)andtheintracytotypicinformativesites(15)ofcytotypeF(chromosomenumberof82)werethehighest.Theintracytotypicvariablesites(15)andtheintracytotypicinformativesites(4)ofcytotypeB(chromosomenumberof54)werethelowest.
5.Alignmentofthe11differentcytotypesresultedin684alignedcharacters(withoutgaps).Acomparisonof11differentcytotypesrevealedthatITSsequenceof
accessionswiththechromosomenumberlessthan72havelessvariation
thosewiththechromosomenumbermorethan72.TheaverageGSbetweenHemeiensisand且cordataaccessionsbasedonITSrangedfrom0.0051betweencytotypeBandA(chromosomenumberof36)toO.0149betweencytotypeFandA.
6.Theneighbor-joiningdistancemethodbasedonHouttuyniaITSsequencesanalysiswithAF203628asoutgroupTheaccessionsinthisstudywereclassifiedasthreesoleaccessiongroupsandtwobiggroups(groupAandgroupB)basedonITS.GroupBonlyconsistedofHouttuyniaaccessionswiththechromosomenumber>EHouttuyniathan
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